知情人士指出，總統幕僚逐一檢視公文提案流程，發現原本提議草案均有須經立法院同意，為何送到司法院祕書長處卻突然拿掉立法院同意權，且直接改由總統圈選權，因這轉折關係總統職權，如此這麼重大的事都未報告府方，導致總統府無法在第一時間因應，府方對此頗感錯愕，要求司法院對外釋疑。
政總擴權案通過的隔天，司法院於4月25日下午2點，由祕書長呂太郎召開的記者會，原本是要幫總統擴權釋疑，卻愈解釋愈糟，還強調「相信總統是全民選出的，不會為特殊政治目的介入人選」，呂太郎在說明要讓終審法官有民意基礎時竟說：「不然人民為何要把生命財產交給只會考試的人？」引發法官全面反彈，痛批呂太郎作賤法官，呂太郎最後出面道歉坦承失言。
對此，呂太郎坦承確有草擬提案，但均與司法院長許宗力及院內相關首長進行討論後決定，原本的提案，的確有經立院同意後任命，但因有最高院庭長認為，法官是審個案，終審法院法官不宜經國會任命，才做此提案，且的確沒先告訴總統，呂太郎說，「總統因此遭質疑，總統是受委屈了」。
金字塔型訴訟是司法院長許宗力就任時的主張，這決議與1999年司法決議相同，學者出身的許宗力上任後，為加速落實此構想，邀請審判實務及司法行政經驗豐富的呂太郎擔任祕書長，本刊調查，此次司改決議中，關於終審法院改革及法官任命，就是呂太郎的構想，由他草擬相關提案後，與司法院長及副院長等人討論後，定出大致版本，送交司改國是會討論。
本刊調查，原本提案中，在精減最高法院法官成14人後，其餘60位最高法院法官將改成研究法官，替最高法院法官草擬判決書或調派任其他首長，但最高法院法官有人反對，司法院為求順利完成金字塔訴訟制，就不再對研究法官的構想堅持，加上員額精減最快也是5年後實施，屆時，許多最高法院法官都已退休，應沒有必要再設置最高法院研究法官。
司法院提案時認為，末來最高法院，應是刑、民各一庭，為避免不同庭產生見解歧異問題，決定最高法院員額減為14人，關於任命方式，呂太郎指出，原本的版本是總統或國會任命，因最高法院有庭長認為，最高法院是辦理個案，與大法官不同，司法院評估結果認為有道理，因此就沒有堅持要提到國會，並以此議案送交司改國是會表決通過。
