司改國是會第三分組委員、刑法權威台大教授林鈺雄認議題達106項，像「亂放天燈、後患無窮」，6次會議無法充分討論，人民有感的死刑及食安議題也不見了，同組委員陳重言律師也退出，2人都不想再為爭議的司改背書，將以其他方式進行司改。
此次司改，討論保護被害人、偵查不公開、冤案救濟機制的第一組，原本提案以戒嚴時《廣電法》禁媒體評論司法新聞，遭NCC擋下，最後通過的是禁止媒體進入檢警辦公區域，則遭侵新聞自由，此外還建請研議禁媒體拍攝嫌犯，這構想被指與第四組決議法庭直播矛盾。
至於討論第金字塔型訴訟、大法官及最高法院改革的第二分組，決議讓總統有最高法院任命權，引爆政治干預司法爭議，此組並創大法官裁判憲法審查制，則遭法界擔心恐形成第四審，此外，第二分組決議擴大律師代理與強制辯護，將來沒請律師恐不能打官司，更是被批侵害訴訟權，律師莊勝榮更是投書媒體反對，他認為，強制代理或辯論，要民眾請律師才能打官司，會被民眾罵「拒絕司改強制搶錢！」
由中研院研究員擔任主持人的第三分組，討論的是檢察官法律定位、檢審評鑑、環境保護，但卻未未討論人民有感的死刑與食安問題，林鈺雄及陳重言委員先後退席抗議，會中瞿海源更是兩度爆走拍桌阻委員發言，引發司改委批視議事規則為無物。
前大法官許玉秀擔任主持人的第四分組，討論陪審或參審、法庭直播、判決書白話文，目前通過的法庭直播決議，引發全民公審疑慮，司法院已表示反對，同組推動陪審制的委員張靜律師，則爆司法官百分之5至10收錢引司法官眾怒。
第五分組討論獄政改革、毒品政策及犯罪預防，原本沒討論婦幼兒少保護議題，在律師賴芳玉與勵馨基金會執行長紀惠容2委員堅持下增列，此外，委員林文蔚提議吸毒除罪化、除刑化及毒品公賣，經本刊報導後，此爭議提案才遭擱置，但同組委員盧映潔教授提案戒毒多元處遇，則是引來有意將吸毒除刑化疑慮。
