4月28日下午，總統府發言人林鶴明召開記者會滅火，強調：「未來分組會議的階段結束後，在總結會議時，仍必須將議題從眾多的主張中收斂和聚焦，找出共識最高、也最該被優先處理的議題。總統會和籌備委員們共商一個妥適的做法。」等於宣告總統在司改總結會議時，將會刪除最高法院圈選權等有高度爭議的結論。
府方人士說，總統蔡英文身為司改國是會議的召集人，各分組的議程，籌委會分工，經過5個分組同意，要針對全部106個改題議進行討論，就各自進行，各分組甚至可以自己決定要不要公開對話紀錄，總統並未干涉，也沒有對單獨議案下指導棋，但府方人士說，公開委員的LINE對話記錄，已經引起一定的寒蟬效應。
「這些議程跟總統府無關，都是分組召集人的決定。」府方人士說，司改的過程，總統無法掌握每一個細節，也不會對分組討論的議題下指令，總統只勾勒幾個方向，除不討論死刑的存廢，也不討論個別冤案是否偵錯，其中最令深綠支持者關心的，就是扁案是否特赦，蔡早在司改會議前已排除，「不用個案來討論制度」，此外，毒品除罪化的議題，也不在司改國是會議範疇。
府方人士說，蔡雖然只掌握大方向，對單獨議案也沒有下指導棋，主要是府方認為，分組決議就算定案，未來還有總結會議可以拉回來，屆時表決見真章，可以透過表決方式避免與社會期待落差太大的決議暴衝，當初在制定會議規則時，如果分組決議的事，就預留送到大會能翻案的機制，而且門檻只要大會人數的二分之一就能推翻。
會設計這項避免暴衝的機制，主要就是避免分組討論形成的意見，有些與社會脫節，恐怕將來引發極大紛爭，黨政人士說，少數與會委員會把個人的意見，以及對法律的執著，試圖落實在改革決議中，甚至不在乎引起社會輿論紛爭，就算浪費時間討論，也不在乎，這是造成這次司改會議不斷發生紛擾的主要原因之一。
蔡英文原本設定不跳到第一線主導司改，也不想下指導棋，但如今情勢所逼，只好出手滅火，由於政府還有最棘手的年金改革及前瞻計畫難題要克服，蔡英文已決定，司改會議分組討論結束後，由她主持的總結會議將延到8月，先緩和司改的衝擊及各界的怒火，到時候會就無爭議、高共識的結論優先推動，只是總統出招真能平息司改失控之火？仍有待觀察。
