蒞庭檢察官梁光宗指出，前檢察總長黃世銘在2013年8月31日，拿給馬英九關於偵辦中司法關說案的「專案報告」中，在最後的後續偵查作為中，寫到將視案情需要，傳喚當時立法院長王金平等人，加上全案到2013年9月6日才停止監聽，顯見馬英九聽黃世銘報告時，全案仍未偵結，相關內容屬於不得公開的偵查機密。
對於檢察官的指控，馬英九的律師強調，黃世銘再向馬英九報告時，已說明全案已經偵查終結，僅有行政不法，未涉刑事不法，當時關於有無後續偵查作為，馬英九無從得知，且總統與行政院長有「行政特權」，對於國會議長及部會首長涉及司法關說情事，總統考量可能影響施政與行政部門運作，總統與當時的行政院長江宜樺針對相關資訊進行商討，並非洩密。
馬英九的律師團更提出北檢在2013年10月偵辦前檢察總長黃世銘洩密案的公文，指出當時承辦檢察官張介欽在公文寫明，依最高法院判決意旨，已外洩的祕密不是祕密，認定馬英九未涉洩密罪末予偵辦，白紙黑字寫得很清楚，檢方卻又在2016年改變立場，將馬英九起訴。
蒞庭檢察官江貞諭反駁，指出當時馬英九是總統，享有刑事豁免權，檢方無法對他偵辦，後來馬英九卸任，加上後續證據浮現，足以認定被告有罪而起訴，很遺憾律師忽略總統刑事豁免權，江貞諭並指律師誤導民情，她不能也無法接受；另名蒞庭檢察官梁光宗則說，刑事偵查是浮動的，對於簽結案件，若有新證據就可以重啟偵辦，馬英九卸任後，檢察官接獲相關告訴與告發，認為證據明確才將馬英九起訴。
馬英九的律師蔡茂松則強調，北檢在2013年10月的公文，白紙黑字寫明馬英九不涉及犯罪，但檢察官卻硬拗說是因總統有刑事豁免權而未予認定；對此，江貞諭檢察官則強調，簽呈沒有拘束力，若法院有疑議，可傳喚製作此公文的檢察官張介欽以了解相關法理依據，但法官並未決定傳喚。
告訴人柯建銘的律師陳鵬光則認為，馬英九的律師團一直在講白紙黑字，而在黃世銘製作的專案報告中，白紙黑字寫到有後續偵查作為，馬英九還在上面劃紅線，不知是眼睛業障重還是其他原因，卻說沒看到，陳鵬光律師指出，不論是行政不法或是刑事不法，馬英九都不應把偵查中的監聽資料對外公開。
承審法官唐玥則請雙方針對起訴罪名的構成要件答辯，如檢察官認定馬英九因職務知悉偵查機密，而馬英九的職務是什麼？另前行政院長江宜樺與前總統府副祕書長羅智強，是否為有權知悉黃世銘報告事項的人？馬英九告知江宜樺等人相關資訊是有故或無故，希望檢辯雙方能有層次地清楚說明，訂於7月7日全天開庭辯論並結案，最快7月底即可宣判。
