高院認為，全案的關鍵88秒電話，沒有證據證明是馬英九撥打給黃世銘，無法認定是馬英九打電話請黃世銘洩密，至於黃世銘第2次向馬英九報告的內容中增加了2通電話，雖然黃世銘針對是由誰主導，與相關證人講法不一，但也無法因此推論黃世銘是受馬英九教唆而增加報告內容，無法證明馬英九犯罪。
此外，合議庭認定，馬英九2013年舉行記者會談及司法關說案，是在看過特偵組提供的資料進行評論，依大法官針對誹謗罪作出的釋字509號解釋，誹謗罪構成要件要「真實惡意」，也就是明知不實卻仍發表相關言論才構成不法，且此案與公益有關，可受公評，合議庭認定馬英九未涉及誹謗，判馬英九無罪確定。
立委柯建銘指控，馬英九前總統在2013年8月31日，聽取當時的檢察總長黃世銘報告仍在偵辦中司法關說案相關偵查機密後，馬英九基於政治目的，想藉此讓當時立法院長王金平去職，將相關機密再洩密給當時行政院長江宜樺、總統府副祕書長羅智強，引爆馬王九月政爭，另涉及教唆黃世銘洩密，要黃世銘將更詳細的偵查機密洩漏給自己及江宜權，涉及洩密及教唆洩密與誹謗等罪，分別向法院提自訴及向檢察官提告訴。
自訴部分，一審台北地院於今年3月間，認定罪證不足，判馬英九無罪，柯建銘上訴後，今遭駁回，告訴部分，檢察官起訴馬英九後，台北地院另案於8月間也判馬英九無罪，檢察官已上訴高院，近期將開庭。
