判決指出，馬英九遭檢察官起訴有二部分，第一是2013年8月31日將偵查秘密、通訊監察秘密及告訴人柯建銘個人資料告知江宜樺、羅智強，涉及洩密罪，第二部分則是被控在2013年9月4日教唆黃世銘向江宜樺洩密，涉及教唆洩密罪。
法官認為，案發時馬英九是我國總統，屬《刑法》所指依法令服務於國家機關而具有法定職務權限的公務員，因執行總統職務，而知悉偵查機密時，也有保密義務，而馬英九告知江宜樺、羅智強的內容，均是偵訊內容及特偵組即將召開記者會等偵查祕密與通訊監察所得祕密，且馬英九洩漏的機密，除了「全民電通更一審司法關說案」還談到其他祕密，法官認為，馬英九不僅有洩密故意也有洩密的事實。
但依《憲法》第44條，總統對於院與院間爭執，除憲法有規定者外，得召集有關各院院長會商解決，這是專屬總統的「權限爭議處理權」，法官認為《憲法》所指院與院間爭執，包含法律上爭議或事實上的爭執，不限於已經發生各執己見、相互杯葛紛爭，潛在、可能發生的爭議自當包含其中，一旦遇有院際間重大爭議而憲法並無特別規定解決方式時，總統自得與各相關院長會商，使紛爭儘早消弭於無形，以維護憲政安穩。
法官認為，2013年8月31日馬英九聽完當時檢察總長黃世銘報告後，得知高院審理的全民電通案遭關說，認此案是層級高達立法院長、在野黨立法院黨團總召、法務部長、檢察長的行政、立法聯合侵害司法獨立性的違憲行為，更能預見特偵組將此司法關說案公開後，不但會對司法威信造成極巨大的傷害，更將開議之立法院與行政院捲入政治漩渦，行政、立法二院間互動恐造成憲政體制運作空前危機。
判決指出，馬英九預見憲政危機，為避免危害擴大，召集行政院長江宜樺、總統府副祕書長，行使專屬於總統的權限爭議處理權，以私密、不公開方式與行政院長、幕僚討論，僅以口頭摘要轉述，沒將黃世銘交付專案報告紙本發放閱覽，其手段尚屬適當，雖對柯建銘等人隱私造成侵害，但相較於憲政安定，馬英九所為符合比例原則，也具有阻卻違法事由，至於檢方指控馬英九教唆黃世銘洩密，則是無具體事證，因此判馬英九無罪。
