北檢發言人張介欽表示，北院誤採信馬英九「院際調解權」的辯詞，使總統可以在政治上運用偵查中的刑事個案偵查資料，將造成「行政權藉由操縱檢察權影響審判權的危險」結果。
北檢表示，本案北院獨任審判法官的無罪判決，與高院判處黃世銘有罪判決，明顯就同一事實有重大歧異認定，高院判決載明：「黃世銘於偵查中於102年9月4日『係因總統馬英九之指示始另行起意』洩漏、交付上開偵查中取得秘密及通訊監察取得應秘密之資料、非於執行法定職務必要範圍內利用柯建銘個人資料予時任行政院長江宜樺。」
北檢認為，北院援引與本案毫不相干的「院際調解權」，諭知馬英九無罪，其判決顯然違背法令，本案終局的判決結果，將決定台灣對於基本人權的保障，是邁步往前或向歷史倒退的分水嶺。
檢方還援引英國哲學家洛克在《政府論》中曾警示：「哪裡沒有法律，哪裡就沒有自由」，本案斷不容使法治彎折扭曲，而成為人民隱私權、資訊自決權倒退之分水嶺。
檢方說，本案不容法治彎折扭曲，而成為人民隱私權、資訊自決權倒退的分水嶺。馬英九於北院審理過程中，在法庭內、外發表諸多「羅織構陷」、「以臆測當證據、先射箭後畫靶」等言論，干擾法院審理，已有不當，此外，本案判決結果亦將造成權力分立、司法獨立及人權保障諸憲政價值門戶破裂洞開，對台灣憲政秩序的影響不言可喻。
北檢表示，本案無罪判決，等同認可馬英九得挪移監聽資料至刑案法定用途之外，不只敲開台灣監聽資料自此可供政治利用的大門，牴觸「聯合國公民與政治權利國際公約」對隱私保障的普世原則，也並瓦解通訊保障及監察法的人權防衛底線。
