合議庭認為，總統的地位，就事實層面而言，從總統時常勘災、巡視地方建設來看，我國總統已非虛位元首，雖社會大眾與法政學者，常稱我國憲政為雙首長制，但在實際運作上，行政院院長由總統直接任命，而中央部會首長，常見由總統與行政院院長共同會商後決定，坊間稱行政院院長為幕僚長，實不為過。
判決指出，以最近政局為例，前行政院林全院長辭職後，賴清德上台接任，中央部會首長異動者，沒有全面改組，蔡總統也曾出面慰留中央部會副首長，合議庭認為，中央部會施政如有缺失，閣員如有違法亂紀，輿論即怪罪馬政府執政團隊，或怪罪蔡政府執政團隊。因此，中央閣員如有風紀問題，總統出面了解，與行政院院長一起處理，以解決政治風暴、維持政局安定、維護國家利益，合於台灣近年來政治現象，與憲政體制不相違悖。
法官認為，黃世銘於2013年8月31日夜間第一次將「專案報告一」偵查秘密及自訴人柯建銘的個人資料，交付馬英九，的確是將應保守秘密的資料，洩漏給馬英九，這部分黃世銘已遭判有罪確定，但因「已洩漏秘密不為秘密」，馬英九沒理由在2小時內另教唆黃世銘再洩漏同一之秘密。
判決指出，總統為國家元首，其任何決定，對國家社會及民生的影響，至深且鉅，不得不慎重為之，但智者千慮，難免一失，要有行政團隊輔佐，方能避免「孤家」、「寡人」一人擅斷的缺失，合議庭認為，馬英九聽聞黃世銘報告後，立即召集行政院院長、總統府副祕書長，共同會商解決之道，符合台灣政治運作現況，當時在執政團隊開會的時候，馬英九沒有將相關祕密資料公開，未涉及不法。
