合議庭認為,總統的地位,就事實層面而言,從總統時常勘災、巡視地方建設來看,我國總統已非虛位元首,雖社會大眾與法政學者,常稱我國憲政為雙首長制,但在實際運作上,行政院院長由總統直接任命,而中央部會首長,常見由總統與行政院院長共同會商後決定,坊間稱行政院院長為幕僚長,實不為過。
判決指出,以最近政局為例,前行政院林全院長辭職後,賴清德上台接任,中央部會首長異動者,沒有全面改組,蔡總統也曾出面慰留中央部會副首長,合議庭認為,中央部會施政如有缺失,閣員如有違法亂紀,輿論即怪罪馬政府執政團隊,或怪罪蔡政府執政團隊。因此,中央閣員如有風紀問題,總統出面了解,與行政院院長一起處理,以解決政治風暴、維持政局安定、維護國家利益,合於台灣近年來政治現象,與憲政體制不相違悖。
法官認為,黃世銘於2013年8月31日夜間第一次將「專案報告一」偵查秘密及自訴人柯建銘的個人資料,交付馬英九,的確是將應保守秘密的資料,洩漏給馬英九,這部分黃世銘已遭判有罪確定,但因「已洩漏秘密不為秘密」,馬英九沒理由在2小時內另教唆黃世銘再洩漏同一之秘密。
判決指出,總統為國家元首,其任何決定,對國家社會及民生的影響,至深且鉅,不得不慎重為之,但智者千慮,難免一失,要有行政團隊輔佐,方能避免「孤家」、「寡人」一人擅斷的缺失,合議庭認為,馬英九聽聞黃世銘報告後,立即召集行政院院長、總統府副祕書長,共同會商解決之道,符合台灣政治運作現況,當時在執政團隊開會的時候,馬英九沒有將相關祕密資料公開,未涉及不法。