中國大陸國安機關指控，李明哲2012年以來，頻繁進入中國大陸活動，「與大陸有關人員勾結，制定行動綱領，建立非法組織，策劃、實施顛覆中國國家政權的活動」。今年3月19日，中國大陸國安機關對進入大陸活動的李明哲依法採取強制措施，將他逮捕至今。
依中國大陸《刑法》第105條第1款規定，顛覆國家政權罪「首要分子或者罪行重大的，處無期徒刑或者10年以上有期徒刑；積極參加的，處3年以上10年以下有期徒刑；對其他參加的，處3年以下有期徒刑、拘役、管制或者剝奪政治權利」。
中國湖南省岳陽中級法院9月11日上開庭，並同時進行法庭直播，李明哲針對審判長詢問，對他涉嫌觸罪行，是否要提出異議，李明哲表示沒有異議，李明哲強調他「散布惡意攻擊抹黑中國現行制度的言論」，並感謝中國執法部門的文明辦案，和過去和台灣認識的不一樣，讓他得知過去的思想是錯誤的，表示認罪和悔罪。
李明哲當時稱自己的口供是真實的，沒有逼供，李明哲在審判過程中承認，自己透過微博認識了同案被告彭宇華，並在微博群中散布抨擊中國政府的文章，惡意抹黑中國政權的文章，還在微信、臉書等網路社群散布相關顛覆國家政權的文章，今湖南岳陽市中級人民法院宣判，李明哲遭判5年徒刑，當庭表示不會上訴。
