郭瑤琪涉貪汙遭判刑8年徒刑定讞，綠營人士多方奔走，直指郭瑤琪是遭冤判，2016年10月，郭瑤琪出書《走過風雨望青天─郭瑤琪冤判八年奇案》，總統蔡英文寫信給她，表示對其遭遇「尤感不捨」，檢察總長顏大和也在去年為此案聲請非常上訴，立委林為洲直指，這是政治隔空干擾司法，難怪人民不信任司法，監委陳師孟更是直指此案是司法不公。
檢察總長顏大和認為，郭瑤琪一、二審都判決無罪，當時法官是認為她收到2萬美元沒對價關係，後來在2012年遭改判有罪確定，因對於有無對價關係，2014年最高法院有一個新的判決，針對賄賂罪的對價與否更緊縮，必須送錢的人有行賄意思，收錢的人有收賄意識，才符合收賄罪要件，因此，最高檢對此案提非常上訴，目的只是針對最高法院對價關係釐清，不是為翻案，是為統一法令解釋。
最高法院第一個理由認為，原確定判決事實認定郭瑤琪明知南仁湖公司擬參與台北車站商場標租案，主觀上基於須利用她職務行為或職權影響力以協助南仁湖公司參與該標租案而收受賄賂，成立不違背職務收受賄賂罪，有罪判決的事實認定與理由說明並無矛盾，法律適用也無違誤。
其次，最高法院認為，顏大和提非常上訴時，將實務上對於收受賄賂罪的「對價關係」，自行區分為「主觀說」、「客觀說」及「折衷說」3 種，並認屬不同見解，有統一解釋之必要，但有罪判決僅是從不同角度剖析收受賄賂與職務上行為對價關係間關連性，對於公務員收受賄賂與職務上行為須有對價關係，各判決並沒有不同。
最高法院認為，有罪判決以郭瑤琪既明知廠商李清波欲參與台北車站商場標租案投標，所交付美元萬元不是一般餽贈，仍予以收受，並於收錢後，利用她職務上對台鐵局有指揮、監督及影響力，指示機要祕書黃士榮向台鐵局代理局長何煖軒探詢其是否可與李清波見面，並就台北車站商場標租案議題，於交通部及電話中與李清波多次聯絡，並先後於2次部務會報指示台鐵局配合李清波，有罪判決認為郭瑤琪收受李清波交付2萬美元賄賂與被告職務上行為，具有相當對價關係而判有罪，並無違背法令情形，也沒有須以非常上訴判決統一解釋法律的必要。
第三項理由是，公務員基於對於職務上行為收受賄賂的不確定故意，收受賄賂後為對應的職務行為，即應成立該罪，第四項理由針對非常上訴認為，有罪判決將此案所涉標租案，誤用政府採購法概念，做出對郭瑤期不利的認定，最高法院認為，有罪判決中的確對「標案」或「招標案」出現用語未臻精當，但對判決並沒有影響。
最後一項理由則是針對非常上訴書中提及，有罪判決認定郭瑤琪是交通部長，但判決理由欄只以她未依行為時「行政院暨所屬各機關處理人民陳情案件要點」規定，循正當流程受理廠商李清波陳情為由，對她做不利認定，對於當時仍有效施行之「行政院所屬各機關首長與民有約作業原則」相關規定沒有論述，判決有適用法規不當的違誤。
最高法院認為，郭瑤琪確實未依「行政院暨所屬各機關處理人民陳情案件要點」或「行政院所屬各機關首長與民有約作業原則」處理李清波的陳情，而是在宿舍內私會李清波兒子李宗賢，並收取所交付的2萬美元，即便原確定判決沒論及郭瑤期有無違反「行政院所屬各機關首長與民有約作業原則」，對判決認定她收賄也沒有影響，駁回非常上訴。
