政院版草案原納入宗教財團法人，卻也引起新法主管機關法務部與宗教團體主管機關內政部不同調。國民黨立委堅決反對納管宗教財團法人，而民進黨團今開黨團大會，在總召柯建銘及多數區域立委主導下，決議妥協將宗教財團法人排除適用新法，僅要求另以法律定之，在宗教專法立法前，適用民法及相關法律規定。
根據內政部統計，目前我國宗教財團法人總數為1717個，以基督教財團法人999個最多、其次為道教 276個、佛教195個、天主教127個、一貫道28個。
雖然黨團會議中民進黨立委段宜康、林淑芬等人表達希望有關宗教財團法人納管的部分能開放投票，不過，多數綠委認為應該黨團應表達一致態度，因此仍列入黨紀。而段宜康下午表決時因岳母過世，請喪假並未出席，林淑芬則未投票。
面對民進黨、國民黨、親民黨對排除宗教納管的態度一致，時代力量立委黃國昌質疑，宗教勸人為善，宗教自由，和要求宗教財團法人和其他財團法人一樣納入遵循一樣規則、財務公開透明，到底和宗教自由、與人為善何干？
本次修法主因是要因應亞太洗錢防制組織評鑑，將財團法人資訊公開、財務管理機制納入管理，因此未來財團法人包括財務報表、捐款及補助名單以及年度預算及工作計畫等資訊都要主動公開並送主管機關備查，未送主管機關備查者最高可罰15萬元罰鍰。
未來財團法人若違反設立許可條件、違反財團法人法及授權訂定的子法及捐助章程、管理運作方式與設立目的不同、辦理業務不善或財務顯著惡化者，主管機關要求改善而屆期未改善，可廢止其設立許可。而財團法人的資金不得寄託、借貸給董事監察人或其他個人以及非金融機構，違者罰最高100萬元罰鍰。
新法定義，我國政府自1945年8月15日以後接收日本政府或人民遺留財產，並以該財產捐助成立的財團法人，以及原應由我國政府接收而為接收的日本政府、人民所遺留財產而捐助成立的財團法人，均「推定為」政府捐助的財團法人。包括糖業協會、郵政協會等，未來將視為政府捐助財團法人。
此外，包括中技社、蔣經國基金會等原本是政府捐助財團法人，後來轉為民間財團法人，本次立法訂定「買回條款」，新法實施3年內，主管機關審查後認為該財團法人未達成社會公益或辦理公權力委託目的、規避政府監督，可透過政府捐贈補回基金差額方式買回，成為政府捐助的財團法人。
