婚後第2年，她生下罹患亞斯伯格症的長子。原以為是自閉，3歲仍不會說話，還併發過動，狀況頻頻，沒有一間幼兒園肯收。陳佩琪嘆口氣說：「小孩再怎麼難帶，老公都沒辦法幫忙，也幫不上忙啦！什麼事情都要我自己來，有點心力交瘁。」
【陳佩琪專訪三】別的小孩都很可愛、很好帶 「為何我生的小孩出問題？」
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婚姻前幾年，她過得並不快樂，時常跟丈夫口角，「因為我覺得假期到了，他就要帶我出去玩，可是他根本做不到啊！有沒有結婚都照樣在外科ICU（加護病房）忙。」家裡缺了衛生紙，沒了醬油，少了鹽巴，託丈夫下班買，卻總被晃點。「他醫院太忙，我要求這個，只會心裡更不平，反正可以自己來，超市就在旁邊，於是我慢慢modify（修正）對他的要求。」
一回，兒子見到超商飲料櫃花花綠綠，把每一罐飲料搬出來，陳佩琪制止，他賴在地上哭鬧。搭電梯，他按下每一層樓，只為了看按鍵發光，令人頭疼不已。「出門完全無法約束，他對人不感興趣，對人說出的語言也不感興趣，他不是笨，而是不喜歡聽人講話，他自己也不講，就做他自己的事情。」她補充，柯文哲不擅情感交流、不懂察言觀色的毛病，跟兒子一模一樣，只是社會化程度不同。
「我帶他去文化大學在潮州街的附設幼兒部，想說那邊應該很有愛心，結果3天就被退貨，只好又帶回家。他那時3歲，憨憨的，看不懂大人表情，我當下情緒很崩潰，就說了氣話：『媽媽怎麼會生到你這種小孩呢！』我覺得別人生的小孩都很可愛、很好帶啊，為何我生的小孩出問題？」她眼淚止不住，擦了又擦的面紙團，皺起了毛邊。
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