此次普悠瑪事故傷亡嚴重,台鐵先前表示是因為駕駛員並未通報關閉ATP又超速才惹禍,但是行政院調查小組在比對通聯紀錄後發現,駕駛確實有通報已關閉ATP。
在台鐵工會提出的當日完整通聯紀錄中,更發現尤姓駕駛一路求助43分鐘,並在當天4點16分,當列車抵達宜蘭大溪站時,就因列車動力異常,司機員重新啟動集電弓,就未再開啟ATP。直到事發前2分鐘,司機員主動提起「現在變成ATP關起來」,調度員也回覆「關起來會好嗎?」
吳宏謀中午出席行政院院會後記者會時表示,已經特別提醒台鐵,應全力協助行政院調查小組跟檢調調查,而不是用不成熟的資料或個人判斷對外發布。並說「凡走過必留下痕跡,已對相關證據保全做妥善處理,希望行政調查與檢調偵查能讓真相水落石出。」
但是行政院調查小組召集人政委吳澤成也表示,台鐵與政院調查小組的說法可能有時間上的比對問題,因為調查小組是看到當日下午4點48分,也就是事故前2分鐘的對話紀錄,當時司機回報ATP是關閉狀態,這跟先前台鐵解釋司機在之前沒有回報,好像不是指同一個時間,調查小組將繼續釐清案情。