郭瑤琪於2006年1月接任交通部長，8月時因國道電子收費系統（ETC）案的善後問題，為政策負責而請辭。卸任後，檢調單位在監聽追查「南仁湖集團」涉嫌浮報捐贈逃漏稅案，在當年6月聽到負責人李清波打電話給兒子李宗賢，說要送2罐茶葉，裡面放2萬美元「作為幫助郭前部長兒子出國留學費用」。
由於當時「南仁湖集團」有意競標台北車站商場，檢調指控郭瑤琪，在收到李姓父子的2萬美元後，就指示台鐵重辦「台北車站商場招租標案」說明會，因為對郭瑤琪提出公訴，指其在職務上收賄。
然而本案在一、二審都因證據不足，郭瑤琪獲判無罪，後經高院檢察官再提起上訴，更一審逆轉改依職務收賄罪重判8年、褫奪公權4年，郭瑤琪不服，堅持自己的清白，否認收賄，繼續上訴，最終2013年最高法院駁回上訴、判刑定讞，而郭也在2014年入監服刑，不過在2016年因罹患癌症，保外就醫。
雖然此案是檢方主動提出公訴、並在上訴後扭轉判決，但在判決定讞後，前檢察總長顏大和就曾以收受賄賂罪的「對價關係」，為不同意見為由，為郭瑤琪聲請非常上訴，但2018年3月遭最高法院駁回確定。去年6月，高等檢察署的「有罪確定案件審查會」也認為本案恐有冤情，為判決認定事實有誤及漏未調查相關證據，對郭瑤琪案提起再審，但在今年1月遭高等法院駁回。
高檢署提出的14項疑點，包含被指控行賄、裝有2萬元的茶葉罐，到底是1罐還是2罐，是紅色或是綠色，被告李宗賢前後說詞反覆，疑似是在調查官誘導的心理壓力下，做出的不實陳述；且全案也查不到電話中說的「2萬元美金」物證，亦未說明其資金流向，無法證明郭瑤琪確曾收受美金2萬元；而當時「台北車站商場招標案」金額高達7.4億元，李姓父子若只用2萬美元當成匯款，實不成比例。
此外，檢方主張法院當時沒讓郭瑤琪接受測謊，郭瑤琪也說，高院沒有通知她到場陳述意見，違反再審規定。
然而最高法院認為，檢方和郭瑤琪提出的這些主張不是新證據，而是重複爭執確定判決已認定的事實提出辯詞；同時測謊並非提起再審的理由，認定檢方與郭瑤琪其他的主張不符再審要件，因此認為高院的裁定無誤，駁回抗告。
