衛福部在今年2月21日，依《食安法》第4條第5項第1款規定，公告訂定「停止輸入查驗之日本食品品項別及其生產製造地區」，並自同日生效，除野生鳥獸肉、菇類與漉油菜等3類食品不得輸入查驗外，其他食品倘無違反「食品中原子塵或放射能污染容許量標準」，即不得逕予禁止輸入或販賣。
目前衛福部公布，16縣市中仍有嘉義縣、雲林縣、基隆市、屏東縣、連江縣、澎湖縣、彰化縣、花蓮縣、宜蘭縣、金門縣及新竹縣等11縣市，訂有禁止販售日本福島5縣食品或相關規定；衛福部表示，在2月21日公告後，已函示上述縣市請其表述意見。
食藥署長吳秀梅表示，全台22縣市中，6都屬行政院管轄範疇，而衛福部函請表示意見的11縣市中，花蓮縣、新竹縣、彰化縣、屏東縣、宜蘭縣、基隆市有給予回覆，內容大多為「遵照中央政策及法規辦理」。
衛福部經蒐集意見並研析後，認為對有關特定產品採取管理措施，有違全國公平價值與生活條例，也會對進口產品管制產生直接影響。因涉及國貿政策，加上食安標準訂定應基於科學客觀依據，並由中央行使風險評估權限，為達全國一致性，已於今日函告上開縣市，《食安自治條例》相關規定顯已牴觸憲法及食安法規，爰予函告自111年2月21日起無效。
