吳牧群在2011年擔任高雄縣市合併後的第一屆那瑪夏官派區長，2014年起，區長與直轄市山地原住民區恢復直選，他在2018年以無黨籍身分參選並黨選第三屆那瑪夏區長。
根據檢調指出，吳牧群擔任第一屆那瑪夏區長期間曾邀廠商碰面，以原民會辦理紐西蘭考察旅費不足為由，向尹姓業者索賄6萬元；後在第三屆區長當選就職前，向一名陳姓包商以不會終止工程契約為承諾，收受60萬元賄款，就任後即指示承辦人召開協調會，讓原包商繼續辦理工程。
第三屆區長期間，吳牧群向董姓、林姓包商借款880萬元，事後2人多次向其催討，但吳表示無力償還，要求從尚未結算、或後續承攬工程中收取回扣，以抵償債務。吳取得之工程回扣現金為1,034萬7,400元，抵債部分690萬6,820元，共計1,725萬4,220元。
不只如此，吳牧群另外還向李姓、薛姓包商收取工程回扣110萬8,000元，以及向吳姓、陳姓包商收取賄款23萬元；總計不法所得約1,925萬元。
吳牧群對收受回扣相關犯行均否認，僅坦承收過陳姓包商之60萬元，但他聲稱那是幫那瑪夏區民借款。法官審理認為，吳牧群身為區長，卻不思廉潔自持，利用職權擅向承作工程廠商索賄或收取回扣還否認犯行，甚至推託是民眾借款或原住民習俗，絲毫未見反省之意，橋頭地方法院今（16日）依《貪污治罪條例》的不違背職務收受賄賂罪等5罪，判刑18年。
此外，尹姓、陳姓包商坦承行賄，情節輕微有助追訴犯罪，獲判免刑，其餘包商分別判1年2月至3月徒刑，部份得緩刑。
