2003年，林國鐘決定回台成立藥華藥。他笑說，為了找地找到很頭疼，「前經濟部長何美玥促成藥華藥落腳南港，問題是手中沒錢，沒賺錢也無法掛牌，她在工業局副局長任內，決定由工業局幫生技公司背書，IPO鬆綁後才能去資本市場募資。」
「新藥研發階段沒有實品，就像《侏羅紀公園》基因改造，科幻到很難籌錢。」林國鐘透露，新藥研發靠經濟部科技專案補助支持，從研發到動物試驗一共拿到2億多元補助，後續臨床就沒有再申請，「隨著生技公司愈來愈多，就有僧多粥少的問題，我只要看到經濟部長王美花，都請她把餅做大，才能挖掘有潛力的新藥公司。」
藥華藥因百斯瑞明翻紅，其實這顆新藥原本是肝病藥物，2008年奧地利孤兒藥公司AOP執行長上門合作，幫助林國鐘將新藥轉入孤兒藥，但雙方卻在合作第8年生變，鬧上國際仲裁，藥華藥甚至陷入長達8個月的全額交割，林國鐘強調：「我們向來按部就班做事，遇到問題就正面解決。」
如今，新藥成功打入國際市場，林國鐘算是苦盡甘來，他最感謝的貴人，是出身台中太平的宏亞食品創辦人張添，街頭巷尾熱銷的77乳加就是宏亞產品，「當年他聽不懂藥華藥要做什麼，但聽說我們是同鄉就投資幾千萬元。」其實張添患有肝病，而他也是藥華藥在台灣編號第一號的患者。
這一路走來，林國鐘冀望將新藥研究經驗傳承下去，「生技學術圈有句話，念生物科技會找不到工作，就連陽明交大免疫學博士也沒工作，如果轉去做保健食品、化妝品就可惜了，有志者可以加入藥華藥，即使面試不適合，我也會幫忙轉介其他公司。」
