針對專案進口雞蛋，國民黨陣營先是質疑農業部圖利進口商超思公司，指陳吉仲和超思負責人的老公是好友，後來又指控進口蛋流向不明、保存期限有爭議、過期報廢的蛋太多等，甚至還掛起「票投民進黨就是支持陳吉仲」的布條，將矛頭對準陳吉仲。
陳吉仲請辭未獲准，行政院安排農業部在週四（21日）行政院院會，提出進口雞蛋專案的成效檢討與策進作為報告，而行政院也將準備完整資料，向立法院提出專案報告，期盼儘速化解社會疑慮。
陳吉仲今上午來到立法院參加民進黨團舉辦的行政立法協調會報，進入會場前他受訪表示，很感謝民進黨團安排這次會議，讓他有機會向執政黨立委報告，包括專案進口雞蛋的政策和議題，雖然只是一顆雞蛋的進口，但背後充滿很多專業，所以他要把外界的質疑一併講清楚。
被問到藍營喊出「票投民進黨就是支持陳吉仲」，陳吉仲回應表示，過去3個星期以來出現很多排山倒海而來的汙衊，這些抹黑都不是事實，例如進口雞蛋的保存期限，農業部都有把規範告訴這些業者；另外還有指他跟超思負責人的先生是多年好友，他再度駁斥，超思負責人的先生30年前就過世了，那時候他還在念研究所。
陳吉仲強調，對於這些不實訊息，農業部當然要用專業來釐清，並且捍衛雞蛋的專案進口，就是為了讓消費者吃得到、能平價買到雞蛋，同時也要照顧農民，在關稅和營業稅的部分都沒有調降，這是讓消費者、農民都受惠最好的政策，但是最辛苦的就是農業部和負責執行的畜產會，若只要調整相關不同做法，答案就會不同。
