行政院長卓榮泰表示，針對新通過的《憲法訴訟法》第4條、第30條及第95條條文，考量修正條文有窒礙難行之處，在呈請總統核可後，移請立法院覆議。卓榮泰表示經研議後，認為「憲法訴訟法」修正條文第30條第2項至第6項規定，以立法凌駕司法，以不合理門檻對憲法法庭運作造成實質影響、違反司法院大法官憲法忠誠義務，嚴重影響人民及機關尋求救濟或解決憲法爭議的權利，將對憲政秩序造成危害。
卓院長同時指出，「憲法訴訟法」修正條文第4條第3項規定，對總統提名大法官後立法院行使同意權的期限並未規定，無助於維持憲法法庭穩定運作，欠缺規範實益。另外，「憲法訴訟法」修正條文第95條規定，使現任大法官無法行使憲法上職權，癱瘓憲法法庭運作，且因欠缺過渡條款設計，致令原已繫屬憲法法庭的案件無以妥善處理等窒礙難行之處。
卓院長強調，我國憲法就政府體制採五權分立的五院體制，憲法機關權力行使不能違反權力分立與制衡原則，亦不得侵害其他憲法機關的權力核心範圍，或對其他憲法機關權力的行使造成實質妨礙。因此，立法對大法官行使職權的方式不得過度干預或造成實質妨礙，否則即侵害司法權行使的權力核心範圍，違反權力分立與制衡原則。
卓院長強調，行政院作為國家最高行政機關，有責任捍衛憲政秩序，並守護人民的基本權利。本次透過覆議，希望透過憲政運作過程，請立法院再次審議法案內容，找出符合憲政與國家利益的最大共識，並妥適回應公民社會與各界訴求，以維護憲政體制健全運作。
