瞿海源在司改國是會分組會議後，針對法官協會的聲明回應，強調他非常慎重否認這樣的說法，因為他們的批評完全沒有依據，瞿海源說，都還沒有開會，就審判了，這麼樣的法官，是什麼樣的法官？瞿海源指出，有法官根據傳聞，說許宗力院長提名了哪些人、某些人是民間司改會的，但根本不是，這樣批評，事實都沒有認定，怎麼有資格來批評。
因檢察官協會2月20日也質疑司改國是會議「綁人綁議題」，媒體問瞿海源，對於檢察官協會與法官協會先後的質疑有何回應，瞿海源說，檢協會的評論也是隨便亂講、隨便批評、隨便判人家死刑，他絕對不接受，瞿海源強調，司法體系裡面，檢協會、法官論壇怎麼會是主體，他們本身就是被改革的對象，他們卻在說三倒四，不根據事實做評論，他不能接受，他歡迎對司改提供積極的意見。
對於分組委員選任被批是黑箱，瞿海源說，從400多被推薦人中選出60多人，真的有遺珠之憾，但選出來的一定是最合適的，對於沒有選入的，也會請委員找他們提供意見，大家共同為司法改革提供積極貢獻，而不是漫罵、批判。
瞿海源接著說，沒有根據事實的判決，這就是法律的問題，這是當前司法最大的問題，檢察官沒有偵查，就放消息，法官還沒有事實就判決，或不根據事實判決，這些檢察官法官就這樣幹，他我不能接受，瞿海源指出：「我講話重一點，但這不是沒有事實根據喔！大家看他們寫的批評，哪邊是有事實根據？」
司改國是籌委會副祕林峯正回應，法官協會理事長許仕楓也參加國是會議第5組分組會議，如果是做戲的司改，為何法官協會的理事長要來參加？瞿海源強調，司改國是會分組委員、議題的選定，絕對沒有黑箱，對於有人質疑，某單位推薦5個人卻都沒選上，就是黑箱，他要反過來問，這單位的5個人是怎麼產生，是不是黑箱？對於遭批黑箱，瞿海源說，自己不能接受，檢察官還沒偵查、起訴，也沒有審判，就判司改死刑，他絕對不接受，希望媒體真正、認真的了解國是會議，看看實質上幹什麼，而不要瞎猜亂。
關於有分組委員認為，自己的專長與分組議題不符，瞿海源說，這不是聯考，沒辦法，有些組的人太多，有適合在某一組，但我們認為可以在另外一組，我們就請他在另一請，不能進第一組，就進第二組，有些籌委有抱怨，但後來溝通後，也都接受了這樣的分組，至今沒有一人辭職。
