2015年11月，衛福部舉辦「認識安眠藥，對抗失眠沒煩惱」宣導活動，提供摸彩品，最大獎為10台、每台價格超過2萬元的iPhone6手機，雖載明活動「使用菸捐挹注經費」仍引發外界質疑，失眠跟菸害防制有何相干？
此外，2015年1月台聯黨團召集人賴振昌舉行記者會，表示每年300億菸捐收入除70%補助全民健保外，剩餘30%則交由主管機關國民衛福部自行運用，但衛福部卻浮濫補助民間團體，甚至還發包給國民黨前立委侯彩鳳製作農民曆、補助元宵猜燈謎活動補助3萬元、端午節嘉年華3萬元、漆彈比賽3萬元等，完全與菸害防制無關，顯然衛福部把菸捐當成自己小金庫，胡亂揮霍。
但當時的國健署長邱淑媞強勢回應：「政府收稅是進『大水庫』，菸捐是『專款專用』，不管是稅還是捐，一樣都是政府的錢，用於補助衛教活動，全依法律規定，跟補助經費來源一點關係都沒有。」
