熟悉航空業的知情人士分析，遠航金門馬公的離島航線、兩岸二線城市航線、國際包機等，雖然都不是業界眼中的黃金航線，但遠航平均機齡超過20年的MD82/83飛機早已超過折舊年限，完全不用負擔飛機折舊費用，與其他航空公司相比成本低很多，等於是多飛一趟就賺一趟，載客量更是ATR的2.5倍，如果好好經營本業，財務不可能如此糟糕。
本刊調查，去年11月復興航空停飛，大批ATR機師失業，當時國內外各家航空公司都投入搶人，遠航原本強調比照復興薪資聘用，但底薪直接從復航的18萬元砍到8萬元，後來調到14萬元，其餘薪資用6萬元飛安獎金補足，但只要出點小差錯，就只能領底薪。
一位復興航空轉至遠航的機師透露，對照立榮機師約27萬元，華信約23萬元的薪水，遠航的ATR機師薪水確實很難拉到一流人才，加上遠航能夠擔任訓練飛行員（IP）及檢查飛行員（CP）的資深機師人力不足， 讓遠航只能仰賴國外原廠機師把關內部訓練考核，也讓民航局相當頭痛。
