本刊掌握，交通部協調時還多次提供優渥條件交換，私下暗示北市府延伸南港站可以，但民生汐止線就得緩推，因為2線存在競合問題，但此一提議遭居民強烈反彈，讓北市府態度陷入保守。
交通部官員透露，北市府為解決內湖科學園區塞車問題，積極推動「台北市東側南北向捷運系統（東環段）」，交通部已口頭承諾願將這條南北向捷運納入前瞻基礎建設，希望換取柯P對基隆輕軌的讓步，沒想到即使釋出善意，基隆輕軌的期末報告仍未獲北市點頭，讓交通部高層對柯市府相當不滿。
交通部為讓基隆輕軌儘快動工，以滿足基隆市民需求，原規劃終點站到南港展覽館，由此轉乘北捷板南線及文湖線，但自去年基隆輕軌納入前瞻基礎建設後，柯文哲便多次對外公開砲打交通部，力主基隆輕軌的終點站要從南港展覽館延伸至南港車站。
交通部不想橫生枝節，最後在可行性研究期末報告，仍採納柯Ｐ意見，確定將輕軌終點延伸至南港站納入規劃，並傾向比較省錢、只需多花4億至10億元的「平面」與「高架」2種方案，獲得大多數單位及學者專家肯定與支持。
沒想到柯文哲的「東區門戶計畫」，卻堅持最後一段1公里採地下化，讓預算足足再增加80多億元，徒增難度又推遲進度，也使基隆市民盼望輕軌儘速通到台北的希望還要再等好一段時日，交通部迫於無奈，只好把平面、高架及地下化3案併陳，留下「尚待決定」等字，完成期末報告審查。
