《來自大海的男人》由日本、法國與印尼共同投資，演員則來自日本與印尼，電影雖具奇幻色彩，但一些情節均來自當地人的真實經驗。像是電影一開始透過訪問的形式談到印尼人在2004年大海嘯的經驗，就是片中飾演司機的當地人告訴導演的；片中有很多當地人當臨演，由於印尼亞齊省曾遭日本殖民，所以很多老人會唱日本軍歌，片中也安排這樣的橋段。
深田晃司強調，安排印尼與日本在近代史中的關係很重要，因為二戰期間日本對印尼人來說是侵略國，雖然現在印尼有很多哈日族，但在歷史上日本畢竟是加害國，愈是高齡的人愈曾經歷殖民時代被迫強制勞動的經驗。「我去印尼拍電影，不能只反映印尼是親日國家，一定要把以往的真相傳達給日本人知道。」
在演員部分，深田晃司在日本選出合作多年的女星鶴田真由、演技派新秀太賀，安排2人學習2個月的印尼語，還相中娶印尼妻子的當紅男星藤岡靛飾演全片靈魂人物、1名神祕男子。印尼演員則交給製片Meiske Taurisia，她先在當地就每個角色各選3、4人，拍下試鏡影片，再由深田晃司決定。電影裡太賀、阿部純子、阿迪帕提多肯和謝卡爾莎莉的組合青春洋溢，4位年輕人的家庭背景互異，但卻在片中交織出純真的友情和愛情。
深田晃司蒐集資料寫出《來自大海的男人》的劇本，接著開拍電影，但在電影剪接時該片的電影小說先完成，所以電影上映與小說出版的時間差不多。他透露，小說中4個主要青年有像日記般的第一人稱敘述個人的心境與經歷。另外日本與印尼的歷史關係，包括二戰期間日本曾侵略印尼、在當地殖民等，在小說中有更詳細的敘述說明。
