其中，列車因主風泵異常，發生動力時有時無，相關人員採取之運轉決策及應變處置作為未排除異常狀況；司機員於列車行進中，同時持續通聯嘗試排除列車異常狀況，加上ATP系統被隔離，且普悠瑪列車的ATP遠端監視功能未連線，導致相關防護措施均未被執行。當時列車以時速141公里（標準時速應75公里）進入半徑306公尺的新馬站彎道，致列車前進方向第1節車廂右側車輪浮起後出軌並向左側傾覆，隨後第2至8節車廂也相繼出軌。
報告中雖然大部分責任歸咎於駕駛員超速，但也顯示當時列車確實狀況不斷，而發生翻車意外後，火車製造商日本車輛製造株式會社坦承設計確有疏失。台鐵局長張政源也表示，廠商應做好售後服務，對於後續是否向日方求償，他說不排除依照當初的合約尋求法律途徑。
台鐵內部人員向本刊透露，台鐵局高層的如意算盤是，只要先跟家屬談妥賠償金額，簽了和解切結書，家屬就不能再向台鐵追償，而「日本車輛製作所」公司也對外界坦承，車輛自動安全防護裝置（ATP）設計出問題，當火車司機員將裝置關閉時，應該自動將此一資訊主動傳達到負責管理的調度員，但因為設計錯誤，導致沒有傳送訊息。
而台鐵局可就日本製造商賣給台灣的19組列車進行求償，而這間有122年歷史的老牌電車製作公司為求股價穩定，亦會如數賠償，未來台鐵有購車需求時，仍會再向這家製造商購買，達到雙贏的局面，最後倒楣的仍是這些無辜罹難和傷殘者。
