1997年香港爆發H5N1禽流感傳人致死事件，7年後台灣首度發現與鄰國不同的H5N2病毒，引起李惠仁以6年時間追查禽流感疫情背後，政府官員的隱匿行徑，製成紀錄片《不能戳的秘密》（以下簡稱《不能戳》），獲得2011年卓越新聞獎電視類調查報導獎。接著《不能戳II》繼續深入調查，也拿到台北電影獎百萬首獎肯定。
但《不能戳III》因新冠肺炎疫情導致攝製延宕，與第2集相隔10年才問世，內容除追蹤禽流感及官僚體制後續發展，更聚焦實驗室生物安全規範。李惠仁指出，20年前SARS期間與2年前新冠肺炎疫情時，台灣實驗室皆因人員疏失，發生病毒感染險釀災害的重大事件，「歷經3年疫情，民眾了解病毒變異與汙染的可怕，對實驗室生物安全更有切身感受。」
李惠仁邀來曾在民視《異言堂》共事的呂培苓加入工作室，支援查找《不能戳III》病毒研究的分讓紀錄。呂培苓之前參與李惠仁紀錄片《蘋果的滋味》的企劃及腳本，當年李惠仁因被中國大陸和香港限制入境，由呂培苓到當地採訪，擔任《并：控制》共同導演。
呂培苓笑說：「因為李惠仁名氣大，有事都由他承擔，在他麾下工作， 我們可以大膽提問，滿足當記者的好奇心。影片的長度、內容，他都放手給空間，但那種無邊際的自由反而帶來更多挑戰。」
李惠仁表示，《不能戳》系列當初開拍的動機是因農委會（現改為農業部）以防制禽流感為由，請新聞媒體到場拍攝噴水車清洗電線桿上的鳥糞，讓他備感荒謬，因此開始調查，抽絲剝繭尋找推翻官員謊言的證據，「查到真相時心裡發出『抓到了吼』，那種感覺很快樂。」支持他不斷挖掘。
由於公部門及學校在疫情期間管制人員進出，暫緩採訪的李惠仁向文化部申請影片播出展延後，遇上去年政壇陸續爆發論文抄襲，恰巧呼應他調查多年的農委會防檢局官員論文案，成為影片收尾契機。
呂培苓回憶：「早年聽他提起論文的事，不解後續該如何發展，沒想到多年後竟能完成。」李惠仁直言：「有時能否揭發真相得靠運氣，沒做出的案子還有很多，未來調查報導只會越發困難，農委會內部還互相告誡不要接0932649開頭、李惠仁的電話。」
導正歪斜官僚結構非一蹴可幾，但讓基層公務員看到權力高牆有鬆動的可能。
今年2月發生缺蛋潮，李惠仁收到時任農委會主委陳吉仲（後任農業部部長，已辭職）陪同行政院副院長鄭文燦巡視賣場的消息，讓他聯想早前拍攝官員為粉飾太平，帶頭吃炸雞的畫面，於是早早到現場捕捉賣場擺拍雞蛋的鏡頭，並以此做為《不能戳III》的開場，凸顯官員處理問題的一貫態度。
由於影片資訊量龐大、結構複雜，李惠仁費時半年自行剪接後，再交由後製公司製作特效及上字幕，刻意避開年底選舉高峰趕在8月底推出，讓公眾關注影片議題：「期待農委會好好調查，或行政院開始導正歪斜的結構，雖然非一蹴可幾，但至少讓基層公務員看到權力高牆有鬆動的可能。」
今年公視買下《不能戳III》播映權，李惠仁也將探討立委職權的《邁向權力之路》、以中國共產黨管控為題材的《并：控制》等過往製作的紀錄片捐贈公視，同步上架公視+OTT平台供民眾免費收看，做為公民教育素材。
《不能戳III》上架公視+首週便站上「影片觀看總分鐘數」冠軍，然而當李惠仁主動聯繫行政院及監察院，提出無償舉辦放映座談卻遭拒。更令他哭笑不得的是，還被質疑是為參選鋪路，「朋友都知道我只對美食有興趣。」李惠仁感嘆儘管幾經政黨輪替，歪斜文官結構和官員面對問題的態度仍是20年不變。
離開主流電視台擔任獨立記者多年的李惠仁為擴大調查能量、增加影片產製，於2016年成立電影工作室，以主持廣播節目的收入，以及《邁向權力之路》的公視委製費200萬元支付員工薪水，再集資拍攝其他題材影片，全盛期有5名員工。2年後，因資金不足工作室接連縮編，如今剩他一人，搭檔熟悉的外聘攝影師節省開支。
獨立記者缺少媒體集團做後盾，要隻身承擔法律責任，查證過程得更謹慎。
獨立記者缺少媒體集團做後盾，要隻身承擔法律責任，查證過程得更謹慎。李惠仁舉出：「拍《不能戳II》時我收到很多資料，怕造假不敢使用，要不斷交叉比對，用客觀方式驗證、找證據，過程發現假設錯誤也要調整。」
《不能戳》系列發展至今，最困難的是尋找願意公開談論議題的專家，國內多數學者因顧慮申請研究經費受阻婉拒受訪。為此，李惠仁遠赴法國世界動物衛生組織（WOAH）總部查證禽流感高、低病原性的定義，又飛往美國紐澤西羅格斯大學（Rutgers University）了解實驗室如何管理病毒與微生物，增加大筆費用，使《不能戳III》總製作費超過600萬元。這2年李惠仁靠接拍商業短片來填補，還首度申請文化部「紀錄片製作補助」獲300萬元，加上支持他理念的親友贊助，補足所需經費。
李惠仁認為紀錄片只能發現問題，解決問題該由握有公權力和資源的政府負責。他也以平常心看待作品後續發展，「影片能發揮多少影響力，要看運氣和時機。」即使無法改變現狀仍堅持不懈，因為唯有持續和更多人參與，公民社會的力量才會越強大。
