當初《不能戳》系列開拍的動機，是因農委會（現農業部）以防制禽流感為由，請新聞媒體到場拍攝噴水車清洗電線桿上的鳥糞，讓李惠仁備感荒謬開始調查，「當時農委會官員把原因推給候鳥，但台灣周遭國家都是H5N1，怎麼候鳥飛來台灣就變H5N2，不合邏輯，我只是想搞懂原因，於是花6年時間追蹤調查。」
到了《不能戳的秘密III：官官相護》，也是在調查過程中，發現時任農委會防檢局防疫組組長邱垂章，從獸醫變成牙醫博士，同樣出於想搞懂原因的出發點延伸調查計畫。然而，邱垂章論文暫時不對外公開，讓李惠仁先等了3年，2019年又碰上新冠肺炎疫情，讓《不能戳III》與第2集間隔10年才推出。
李惠仁笑說：「拍片最好玩的是，我們計畫性拍攝到最後都會不一樣，隨著事件的發展，不同的切入點也許有更好的敘事。」他透露蔡英文博士論文案，第一時間他也有到相關的記者會現場，沒想到去年學倫案掀起更大波瀾，剛好找到能對比邱垂章論文的素材，成為影片收尾契機。
另外，在《不能戳III》拍攝將結束前，李惠仁因為收到時任農委會主委陳吉仲，陪同行政院副院長鄭文燦巡視雞蛋的消息，再度引起他好奇：「我猜他們應該會跟國民黨一樣笨，趁媒體還沒到先去排雞蛋，我提前去等，果不其然就是那樣，然後重新調整敘事方式，把這段採訪內容放到影片開場，對比之前官員帶頭吃雞的荒謬。」
李惠仁昔日工作夥伴呂培苓大嘆：「我們做專題，眼睛只能專注在眼前的事，當導演的卻要面觀360度。」還反問李惠仁：「你不覺得非常疲倦嗎？」李惠仁則笑回：「那你不覺得查到真相的感覺很過癮嗎？」
