蔣萬安今接受國民黨議員柳采葳質詢時，柳提到3月24日北市府先去稽查，後續26日中央才跟進，但北市卻被批慢半拍，且食藥署第一時間似乎不太願意把食材接回去調查等。
對此，蔣萬安除說明24日當時不知道有死亡個案，未達食物中毒定義也沒有留下同批食材，所以只能盡力採集環境跡證，也證實當時衛生局局長陳彥元確實有回報第一時間他們（食藥署）不願意，但北市積極溝通與徵詢食藥署高層後決定扣回食材。
而陳彥元則有補充不能說「不願意」，因主責是地方衛生局，只是自己當時有跟蔣萬安說明這是極罕見案例，地方衛生局可用常規食物中毒細菌可能驗不出，所以才跟食藥署討論最終由食藥署把食材扣回去，事後也證明中央也不一定驗得出來。
另一方面，柳采葳還爆料北市3月27日勒令寶林所有分店停業時，北市有接到中央關切電話詢問：「為什麼要做這麼絕？」等，對此陳彥元則表示如果大幅度關店恐波及無辜，都會有這樣的討論，但當時他們認為有食材交換可能所以堅決關掉，中央也尊重。
根據《ETtoday》《聯合報》報導，對於第一時間不願扣回食材、打電話關切等爭議，王必勝下午暴怒回擊，他表示3月26日是食藥署主動去現場討論後續食材要怎麼處理、檢驗什麼，結果就是食藥署帶走（食材）了，反問「哪有什麼第一時間不願意？」也批若北市這麼勇敢、願意檢驗，為何不在24日就把食材帶回？王必勝強調，一般食物中毒案都是地方處理，像是王品旗下的初瓦、嚮辣案就是如此。
此外，王必勝也反駁電話關切，直呼麻煩有證據公布出來，直言他們衛福部沒有人會說這種話，現在又在講中央護航寶林，他認為這種東西很無謂，直呼他們都在做後續相關處理了，但北市府還在推卸責任，這不是首都市長該做的事。
對於衛福部王必勝次長稱寶林案市府「甩鍋」，台北市政府副發言人李政軒表示，市府始終本於事實，議員質詢期間提到的「3月27日勒令寶林停業時，還接到中央關切電話」，市府在3月27日確實有接到中央來電，詢問關於市府下令停止寶林所有分店營業的適法性。
李政軒表示，3月26日在市府堅持下，中央將35項食材查扣送驗也是事實。當天已知本案符合中央「食物中毒」定義，衛生局也判斷很可能是面對「極罕見」的特殊毒素情況下，考慮到市府量能有限，中央實驗室有更充裕的量能可以檢驗，所以特別與食藥署溝通，相關過程如有疑義，相信王必勝次長也不會說出「所以最後的結局是我們食藥署就把他帶走啦」。
