本刊調查，訴訟金字塔化是司法院長許宗力的司改核心目標，其中最重要的工程便是縮減最高法院法官員額。為達成此一目標，許宗力曾找最高法院院長鄭玉山協調，獲得鄭的支持，表達將會自砍60人，使最高法院法官減為14人。
本刊2月20日率先披露司法院內部研議的方案，指政界人士及律師可任最高院大法官，引起法界譁然，當時司法院研議的版本是要經立法院同意，本刊向司法院祕書長呂太郎查證，他還特地澄清說，如果不是由法官出任，可能涉及違憲問題，所以還沒定案。
不料，司改國是會議日前卻提案表決通過由總統政治任命最高法院法官案，並且加碼大放送，連須經立法院同意都拿掉，便可由總統直接圈選最高法院法官，而引起擴權的疑慮。由於許宗力當初僅向蔡英文總統報告要提出金字塔訴訟制度，後來出現如此重大轉折卻未向總統報告，使蔡英文從頭到尾都被蒙在鼓裡。
巧的是，4月26日司改國是會議第三組開會討論委員提案，討論檢察總長是否應該改由法務部長圈選時，現任法務部長邱太三當場表示質疑，並且直言第二組開會表決通過最高法院法官由總統任命的決議，恐會將政治力量引進司法界，詢問大家「真的要這樣做嗎？」
知情人士指出，這項決議曝光後，蔡英文不只有疑慮，還認為有些議題已經失控，因為自從司改國是會議開會以來，有些議題一直引起各界質疑，從最早檢察總長顏大和質疑綁人綁議題，到後來有律師公會、法官協會及檢察官協會先後抨擊人事黑箱，直到26日台大教授林鈺雄質疑司改會議定位不明，宣布退出會議，27日甚至有法官在法官論壇留言，呼籲所有法官代表集體退出司改會議，讓司改的正當性蒙上陰影。
本刊調查，司改國是會議面臨崩解早有跡可循，不僅議題暴衝，各分組委員互相攻擊，連總統親自邀請17位籌委密會也爆發嚴重口角，甚至有籌委當著蔡英文的面互嗆，場面火爆，這也是為何26日第三組會議結束前，擔任籌委的教授楊雲驊質問主持會議的另一籌委瞿海源，有關4月17日與總統密會的內容時，會被拍桌制止的原因。
本刊掌握，司改籌委會為了釐清定位問題， 4月17日上午10點在總統府開會，由蔡英文總統親自主持，出席人員除17位籌委外，司法院秘書長呂太郎、法務部次長陳明堂、司改會副執行祕書林峯正及總統府幕僚也在場。
當天會議一開始，蔡英文說，深知司改工程艱巨，許多委員投入時間精力，甚為感激。接下來就由各組召集人針對各組進行的議題及所碰到的問題提出說明，起初氣氛堪稱融洽，但當輪到第三組召集人瞿海源發言時，現場氣氛卻開始轉為火爆，場面尷尬，為此小英總統一度還出面緩頰。
爭執的引爆點，是瞿海源在會議上向總統抱怨該組開議以來，議事一直不順，不斷有人刻意阻擾，尤其是「本組有委員態度傲慢，不斷破壞司法，講甚麼放天燈，滿地垃圾，根本就是居心不良」，甚至還說「是誰推薦的，出來好好管一管好嗎！」
瞿海源發言時情緒激動，所指涉對象顯然是台大法律系教授林鈺雄，但林當時並不在場，另一籌委楊雲驊教授聞言則直接回嗆瞿海源，「是誰在傷害司法，是誰發言說台灣的法官、檢察官有5%到10%收錢？等於全台灣有幾百個法官、檢察官收賄，這樣的發言將永遠留在google上，永遠傷害司法，那他又是誰推薦的？」
由於楊雲驊的發言直指張靜委員，張靜則是由前大法官許玉秀所推薦，這番話惹得許玉秀當場臉色難看，氣氛超級尷尬；隨後發言的法務部長邱太三更是當場嗆說，他對於一些人的發言是「冷眼旁觀」、「一笑置之」，任何人要說甚麼，都是個人的言論自由，「但是不要背後放話汙衊，大家都知道是什麼團體在操控」，在場人士都聽得出邱是指日前有媒體影射他關說老婆法官的人事，事後已證實是誤傳，沒想到邱仍為此動怒。
在場人士形容，邱太三愈講愈激動，甚至挑明說竟然還有人去最高檢找總長招降，說甚麼司法院都已經向民間司改會靠攏，法務部大勢已去，發言時一度還指著許宗力院長說，如果有人跑到你們最高法院去，然後說這些話，你是甚麼感覺？
隨後許玉秀主動站起來澄清，說自己當天是剛好經過最高法院附近，她跟檢察總長顏大和早就認識，所以就順便上去聊聊天而已，根本沒有媒體報導的招降之說。
許玉秀才說完，邱太三突然拉高音量大呼：「那就找朱朝亮來對質啊。」許玉秀不甘示弱立即反嗆：「我有請朱朝亮的老師黃東熊去修理他了！」雙方唇槍舌戰，你來我往，現場氣氛一時為之緊張。
輪到楊雲驊再度發言時，他大罵死刑問題應該要談，而且有那麼多人提議要討論死刑，為什麼後來都沒有談？李念祖律師也接著發言表示支持，認為死刑應該要談，後來經過討論，認為這項議題應交由第五組檢討死刑問題時再來談，才暫時化解爭議。
由於會議氣氛火爆，蔡英文看到大家爭得面紅耳赤，最後只好出面打圓場說，司改國是會議不是現階段最急迫的問題，總結會議可以在八月底再召開，大有希望大家緩一緩的味道，她也提到司改國是會議的決議，是比諮詢強一點，但是到底是甚麼，則沒有明說。
