此外，沒達成決議的檢察官監督等議案，也排入議程的提案事項，而一再被質疑憑空消失的食安與死刑議題，仍是不談，司改國是委員林志潔、紀惠容等人8月11日將舉行記者會，呼籲總結會議要有程序正義，不要讓已做成的決議憑空消失。
司法改革國是會議的總結會議預計於8月12日於總統府召開，由總統與101位國是會議委員、五院正副院長、主要政黨黨主席及立法院黨團總召與會，每位委員可以發言2分鐘，會議預計從上午9時進行至下午6時，全程網路直播。
就在總結會議前夕，傳出已決議的議題消失，擔任第五分組委員的交大教授林志潔等人認為，第五組第五分組所有性別兒少人權改革的結論，只剩下「友善性別的司法」7個字與沒有兒保內容的兒少保護標題，且法務部及司法院回應後續工作計畫與期程，卻迴避性別兒保人權改革決議。
林志潔指出，司改會議第五分組第五小組通過的性別人權改革決議，包括通姦除罪化、兩小無猜條款、優生保健法、兒虐、性侵害被害人訴訟參與權、司法院跨廳院設兒少及性別友善司法委員會，但在總結會議的議程中卻都不見了。
此外，第五分組針對對公、私部門的反貪腐做出3項決議，公部門部分包括整併貪污治罪條例及刑法瀆職罪、給予檢察官緩起訴裁量權及推動制訂揭弊者保護法；私部門則是增訂私部門反貪與商業賄賂刑罰、制訂財團法人法及公益通報者保護法，但關於反貪的部分，也在議程中消失。
林志潔教授指出，從總結會議的議程來看，如金字塔刑訴訟、司法人員的養成與汰除機制占了多數，她認為司法改革會議，並不是司法官改革會議，不能把全部的東西都著重在改革法官檢察官，就法律議題也要處理，因為很多問題，不是人的問題而是制度的問題。
此外，原本未獲決議通過的檢察官監督等問題，也有委員認為因表決時有委員辭職，應重新計算票數，因此提案於總結會議中再討論，而未獲決議通過的陪審與參審制，司法院將以「國民法官」來取代，但主張陪審的委員已集結，要在總結會議中力抗司法院。
另關於司改國是會議於4月24日的分組會議中，通過司法院決議，將負責終審個案的最高法院法官由現有74位減為14位，司法院長提3倍人選，經遴選小組刪去3分之1後，再讓總統從28人中圈選出14位出任，經媒體報導各界質疑這是政治干預司法、總統擴權。
對於最高法院法官任命，司法院將在總結會議，對分組決議提出修正意見，希望從遴選委員的多元性加強，選任的過程，原本是總統可以從人選中2選1任命，修改為以具備多元民主性組成遴選委員會，由司法院長提出應任名額2倍人選，由遴選委員會選出應任人選，最後由總統任命，總統無實質選任權，僅有形式上的任命權。
