李康生搬家後不久，頸部舊疾復發，蔡明亮陪著去看病，甚至遠赴香港求醫，一路以影像記錄。有一次蔡明亮拍攝李康生歪著脖子，從尖沙嘴走到彌敦道的過程，因為李康生得扶著頭走路，如果不扶、脖子就是歪的。但拍著拍著發現，「香港那麼多人都扶著頭走路，因為用手機。當那些人經過李康生旁邊，就會覺得到底是誰生病？」
蔡明亮說，搬到新店山上，逐漸認識這個山頭，重回大自然，發現此地就是他的片廠，也把李康生罹病與治療過程放進《家在蘭若寺》。片中最早只有陸弈靜飾演的媽媽是鬼、尹馨是每晚來的一個魂魄、陳湘琪則是一個徘徊遊蕩來找李康生又找不到的女人，但後來決定讓尹馨變魚精、陳湘琪變鬼。
蔡明亮想像中的鬼是和人一樣，但人看不到；而鬼很悲傷，看到人但也無法做什麼，「因為所有的鬼都是被困住，否則為何要叫孤魂野鬼？影片裡的鬼也是被困在廢墟，走進去會聽到嘆息聲或哭泣，這些鬼有很多冤屈、不開心。」他透露，《家在蘭若寺》每個鏡頭都很長，都在慢慢看人的生活、慢慢體會他們的心情、狀態，情感複雜又很悲傷、無奈、溫暖。
