知情人士表示，扁案不管確定或停審中，當年全案審理時，部分證據及筆錄都有相關連，合議庭評議時，常常是全案綜合考量，加上資料檔案龐大，根本難以區分哪一部分是屬於已確定或尚未定讞，若要一一過濾，恐怕到後年7月31日陳師孟監委任期屆滿前還無法完成，陳的來函讓法院傷透腦筋，目前相關承辦人員只能積極研擬對策，以免遭質疑消極不配合。
若法院同意陳師孟調閱，當年審判過程將重現，從台北地院2008年第一次開聲押庭時，扁即說他遭法警毆傷手臂，手痛到沒有辦法好好應訊、遭收押後的絕食，以及起訴後，扁在法庭上滔滔不絕指責遭法官和檢察官聯手非要他死不可時，一句「我認了」，庭內一度驚呼扁要認罪，法官問他要認什麼？扁解釋，他是認了卸任總統的原罪，這過程是否會被解讀成不當取供，值得關注。
此外，當年蒞庭論告主任檢察官林勤綱在庭上落淚，指著與他曾為美麗島案律師的陳水扁說：「親愛的朋友，請諒解我必須釘死你的過犯，用來彰顯那些你曾經樹立的美好價值。」是否被認定過度表演，都將對司法權形成挑戰。
針對監委陳師孟調查前總統陳水扁案，本刊致電監察院，監察院表示，若是調查中的案件不便說明。本刊另詢問陳師孟辦公室，詢問目前扁案調查進度，以及仍有二次金改等5大案判決未確定，將如何調查？陳師孟辦公室回應，之前陳師孟南下訪扁時雖有對外說明過，但此案調查中，目前是否受訪說明，持保留態度，暫無法說明。
