知情人士指出，本案還有另外一項重大爭議，在於最高法院2016年對《食安法》做出從嚴認定的決議，認為攙偽、假冒行為縱使對人體無害，也要處以重刑。對此，法界人士指出，如果一個行為完全沒有對人體健康產生危害的可能性，應該不可論以攙偽、假冒罪，否則即違反食安法保障人體健康安全的基本原則。
二審改判有罪理由中，指我國駐越代表處對越南農業部公文解釋，越南大幸福公司「似應」依越南法律取得「食品安全證書」，但大幸福公司未取得，魏應充認為，越南農業部公文並無「似應」等字眼，是駐外單位擴張解釋，且頂新使用越南大幸福提供的原料油符合越南衛生規範，可供人食用。
此外，二審認為頂新使用不合格原料油，涉及《食安法》假冒等罪，魏應充認為二審誤將成品油標準套用在原料油上，至於二審最高法院刑庭對《食安法》決議，只要假冒，不管無違害人體之虞，都是犯罪，魏應充認為，這是二審錯誤適用《食安法》。
目前魏應充認為對自己最有力的證據之一，就是駐越南代表處錯誤解讀越南農業部的電報公文，及胡志明市農業廳的函文，魏應充除強調二審錯誤解讀越南公文外，也要凸顯自己都吃頂新油品，證明無犯罪故意，另指檢方採證錯誤，未告知同案被告大幸福公司負責人楊振益可行使緘默權屬不當取供，且在審理期間沒有聲請法院調查證據卻私自到越南調查，判決已嚴重違法，至於能否翻案更審，仍有待最高法院的審理。
