賴清德強調，為告慰亡者在天之靈，也向社會大眾交代，政府會痛下決心，推動檢討改革，解決台鐵多年來的沉痾，避免不幸事情再度發生。因此他已要求，行政院調查小組務必要客觀公正、公開透明、秉公處理，絕對不可徇私、護短，才能以昭公信，才能解決爭端，也才能踏出改革第一步。
其次，賴揆表示，普悠瑪列出將全面性安全體檢，在體檢完畢前新馬彎道等其他危險彎道都要減速通行，另外ATP的管理也要按照SOP落實，以策安全。
賴清德說，台鐵要痛定思痛檢討改革，這部分會由政務委員張景森督導，進行全面性體檢，包括組織、人事、車輛、道路管理、制度都要全面改革。另外，也將成立國家運輸安全委員會，把陸海空都納入，除負責安全查核外，如遇到重大事故，它是獨立機關進行調查，才有辦法取得社會信任。
賴清德強調，行政調查結果出來後，行政懲處還會再繼續，「該負責的人一定要負起責任」。他說，懲處是為了檢討改進，避免類似事情發生，鹿潔身已請辭獲准，吳宏謀等檢討完畢之後再做決定。
被問到台鐵改革是否朝公司化方向？賴清德說，台鐵全體同仁應記取慘痛教訓，不能流於過去表面檢討，這次一定要全面、徹底檢討，至於台鐵是否公司化，會留給張景森督導的台鐵大體檢中討論，「原則上對台鐵公司好，我們就來做，我們希望台鐵公司是更安全、更有效率、服務更好的方向邁進，才有辦法對得起社會大眾的支持、期待。」
另外，包括出軌的普悠瑪列出前一天是否就發生故障、普悠瑪列車採購驗收等問題，賴清德表示，這些都是未來調查重點，希望行政調查小組掌握所有資訊、秉公處理，讓所有真相給社會大眾知道。
主持調查小組的政務委員吳澤成受訪表示，會把通聯紀錄納入研判，也請工會推薦資深駕駛加入調查，讓事實呈現得更完整。
