另2個在長榮集團訴訟大戰出現的基金會，是各自在長榮國際2月11日股東會中拿下一席董事的祥陽慈善基金會與政慧發展社會福利慈善事業基金會，這2席法人董事若於3月23日正式上任，也有權影響長榮集團決策，但祥陽與政慧這2個基金會也遭告進法院，被要求暫不得行使長榮國際的董事職權。
依台北地院資料，張榮發基金會及張榮發慈善基金會除了張榮發擔任過董事長外，前中研院長李遠哲、前外交部長田弘茂也曾擔任張榮發基金會及張榮發慈善基金會董事，張榮發過世後，目前由鍾德美同時擔任2個基金會的董事長，鍾德美也遭告進法院，訂3月22日開庭。
其中，張榮發基金會是4個基金會中的重中之重，除了在公益事業上救助弱勢、獎勵清寒學子，已讓逾10萬人受惠，更有長榮海事博物館、長榮交響樂團、張榮發文物館從事文化公益，張榮發基金會並擁有長榮集團中樞長榮國際公司28.86％的股權，在長榮集團中具舉足輕重地位。
依據台北地院公告資料，長榮發基金會資產從23年前設立之初的1億元，增為117億2,534萬餘元，基金會18席董事中，有張榮發大房長子張國華、張國明及第三代張聖皓、張聖恩，另二房兒子張國煒及長榮航空董事長林寶水也都是基金會董事。
張榮發慈善基金會則持有長榮國際5％股權，資產也從原本的3,000萬元增至23億8,121萬餘元，張國華、張國明及第三代張聖皓、張聖恩也都是董事，因此長榮集團第三代的張聖皓也以基金會董事之名參與訴訟大戰。
本刊調查，祥陽慈善基金是由張榮發大房第二個兒子張國明於2017年捐助3,000萬元成立，目前由張國明擔任董事長，從事社會福慈善事業，設址在台北市中山南路長榮海事博物館7樓，本刊到現場察看卻發現是空辦公室，詢問大樓人員，對方卻說：「沒聽過祥陽慈善基金會。」
慧發展社會福利慈善事業基金會是大房三子張國政與妻子曾瓊慧，夫妻各取名字一字命名，由曾瓊慧在2008年捐助3,000萬元成立並擔任董事長，設址在台北市復興北路，從事關心單親與照護弱勢族群、長者與兒童等慈善事業，網站上有不少關懷銀髮族及弱勢的活動照片，頗獲社福界好評。
