管中閔當庭表示，自己之所以必須站上法庭，源頭就是去年1月5日台大校長遴選委員會的遴選結果，若非這個結果不為少數有權勢者所喜，怎麼會有長達一年、對他鋪天蓋地的政治抹黑？會有後來監察院的調查？管中閔說，監察院今年1月15日通過的彈劾，是所有政治追殺都不成功後的另一次迫害。
前《壹週刊》社長、現任《鏡週刊》社長裴偉則證稱，自己任職《壹週刊》社長時，經由其他被邀稿人介紹，以電話邀請當時擔任教授的管中閔替《壹週刊》寫財經方面的社論，裴偉指出，管中閔並非《壹週刊》員工，雙方也沒有訂合約，管中閔在《壹週刊》也沒有職務，是專家投稿，如此單純。
裴偉證稱，管中閔提供的文稿，《壹週刊》有刪改的權利，有時也會不刊登，至於之前媒體報導指監委曾點名幾篇社論，認定出自管中閔之手，但據他印象，這幾篇被監委點名的社論，大都不是管中閔寫的。裴偉指出，當管中閔出任政務委員後，他還特別要求管中閔投稿時不要碰政府議題；《壹週刊》現任社長邱銘輝則證稱，自己當時擔任總編，不處理社論投稿。
管中閔強調，新的政治迫害就是以「深文周納」與「羅織構陷」來入人於罪，從國稅局調取他近20年的所得稅資料，結果上窮碧落下黃泉，迫害者們能找到的所謂證據，也只有他撰寫社論的稿費收入。但對方援引各種特殊觀點與論述，「深文周納」，企圖論證他撰寫社論違反了「公務員禁止兼職」的規定。管中閔開完庭後，特地向媒體解說「深文周納」的意思，他說這句話出自《史記》的酷吏列傳，深文，是指嚴苛的法律條文；周納，則是詳密的構織罪狀，全句的意思是指不根據事實，而巧妙援引苛刻的法條，陷人入罪。
管中閔較還引用金恩博士名言：「最終極的悲劇不是壞人的壓迫與殘酷，而是好人對此的沈默（The ultimate tragedy is not the oppression and cruelty by the bad people but the silence over that by the good people）」，表示自己期待司法能澄清與匡正不實指控，社會正義之聲能對不公義加以譴責，更希望自己是遭受這些政治迫害的最後一人。
依據《公懲法》第44條規定，公懲會合議審理案件均不公開，但合議庭認為有必要時則予公開，公懲會委員長、承審審判長石木欽認為，此案社會矚目案件，為求公開透明，創先例未經當事人聲請，就決定主動公開審理，全程開放旁聽，但公懲會法庭空間小，因此借用高等法院法庭開庭，今首次開庭為準備程序，將再進行一次審理庭後審結。
公懲會可依《公懲法》對管中閔免職、撤職、休職、降級、減俸、記過與申誡等處分，知情人士指出，教育部前部長吳茂昆被控任職東華大學校長期間，用學校專利到美國開設師沛恩生技公司，並向中國取得專利，未遵守利益迴避規定，經監察院彈劾後，公懲會予吳茂昆記過處分，此次管中閔若遭認定違法，應也不會被判太重，且全案並非發生在管中閔當選台大校長前，判決結果應不會影響他的台大校長職務。
