自救會成員透過發言人王薇君、律師陳孟秀指出，從交通部發表的新聞稿中可知，早在5月21日時，這份行政調查報告就已完成；然而，交通部卻認為在運安會完成相關事故調查報告前，不宜公開此份報告。令家屬質疑的是，2份報告有各自的獨立性，並不衝突，事發至今已過百日有餘，家屬焦急等待事實真相的心情沒有一刻減少。
自救會認為，報告裡指出，依營造安全、職業安全法規，這個工區內的道路「不具有足夠強度的護欄或防護措施」「路面也未鋪設平整，只有拉警示帶及以三角旗警示」，防止車輛及機械墜落邊坡之防護措施，明顯不足且具有危險性，但台鐵、監工、施工卻放任車輛停在有滑落邊坡之虞的道路上，明顯違法。
更曾有相關單位多次指出本案工程有「高差2公尺以上之工作場所邊緣，未設置符合規定之護欄或增設強度足夠的防墜落設施等」的缺失，但台鐵花蓮工務段完全沒有進行督導改善。經其他單位要求改善時，最後，「包商僅加設一護欄立柱，台鐵便認為缺失改善完成而結案」，未全面檢視缺口並作防護，以致事故現場之便道沒有設置強度足夠之防墜落設施。
自救會說，台鐵、監造單位、包商，對於這個緊鄰鐵軌而攸關行車安全，卻又明顯不符合安全要求的施工便道，始終未落實應有的安全防護措施，任由這個危險持續存在，以致在今年4月2日釀成大禍。可見如李義祥、監造單位及台鐵，對於太魯閣事故的發生，均有重大責任，然而至今，檢察官並未起訴任何台鐵人員，因此懇請檢調務必深入調查、起訴台鐵相關人員的不法行為。
另外，家屬也稱，從意外事件發生至今，交通部與台鐵僅召開2次家屬懇談會，過程中對於質疑台鐵的聲音，台鐵一直強調事故責任已由相關單位調查，作為被調查單位，對於事故原因及責任歸屬未便表達任何意見，但台鐵明明早已完成此份報告，為何在懇談會中刻意隱瞞隻字不提？台鐵與官方刻意隱瞞此報告，只會不斷要求家屬早日和解，不免令人聯想是否為了惡意欺瞞？
家屬們表示，這份行政調查報告書開頭即明確寫出：「經鐵道局邀集交通部路政司、重大工程督導會報、法規委員會、政風處及台鐵局（含專案管理『中棪工程顧問股份有限公司』及監造單位 『聯合大地工程顧問股份有限公司』）共同參與調查。」
家屬質疑，此次意外事故聯合大地工程明顯涉有重大疏失與嫌疑，理應是「被調查對象」，交通部卻明目張膽地邀集涉案對象「共同調查」此次意外，做出一份球員兼裁判的調查報告，要受難者家屬如何能接受此份報告的公正性？而未來在司法調查中，聯合大地顯然已知調查過程與重點，可能嚴重影響辦案方向，給予他們將疏失粉飾太平的機會。
「太魯閣的眼淚」自救團體也提出兩點呼籲，希望司法機關應對台鐵嚴加深入調查，釐清這起事故顯現出的結構性問題，唯有如此才有真相，不枉家人的犧牲；台鐵應重新提出和解書，和解協議內容必須與家屬重新協調，才能消弭事件爭議。
