行政院長卓榮泰今表示，《憲訴法》修正條文內容，以立法凌駕司法，用不合理的門檻對憲法法庭的運作造成實質影響，違反司法院大法官憲法忠誠義務，嚴重影響人民及機關尋求救濟或解決憲法爭議的權力，將對我國的憲政秩序造成危害，強調憲法機關的權力行使不能違反權力分立與制衡的原則，立法對大法官行使職權的方式不得過度干預、造成實質妨礙。
行政院依憲法增修條文提出覆議，總統府發言人郭雅慧表示，總統賴清德基於行政院所提的覆議理由，核可行政院覆議案。賴總統認為，憲法法庭審判權的行使，不僅攸關國家憲政秩序維護，更與人民基本權利保障息息相關，呼籲立院朝野政黨再次檢視法案內容，經溝通協商、尋求共識。
總統核可後，下一步將會是立法院收到覆議案，針對《憲訴法》修正案是否重新討論進行表決，而照去年《立法院職權行使法》修法的案例，以藍白為多數的立法院料將直接否決覆議案。
這次《憲訴法》修正案，被認為會實質癱瘓憲法法庭，因為目前大法官人數總額不符合新規定中所要求的最低門檻，總統提名的接任人選上個月也被立法院全數否決，現有的8名大法官將無法召開憲法法庭。不過提出修法的國民黨立委翁曉玲則說，總統只要在2個月內補提名大法官，立法院收到後會盡快排審，不會有癱瘓的情況，她認為《憲訴法》等修正案都是為了改善國家制度的法規，沒有窒礙難行之處，但提出覆議是行政院的權力。
另一名藍委李彥秀則說，《憲訴法》修正案涉及的是憲法法庭的釋憲門檻，對行政權來說有何窒礙難行之處？批行政院越俎代庖提出覆議，後續還有民進黨立委要提出釋憲，根本就是漠視分際，違反憲政運作邏輯，「狗拿耗子多管閒事」。
李彥秀也提到，這次通過的《憲訴法》修正案是民眾黨的版本，也是國會絕對多數的共識，民進黨明知會再次被立法院多數否決，仍執意提出覆議、以及後續的釋憲，其實就是轉場過水，演給深綠支持者看，累積後續公投的動員能量和吵架的政治資本，質疑民進黨的目標是否就是賴清德所言「更大的民主」，要用公民複決來拚輸贏，痛批民進黨當家還天天鬧事，最後付出的代價是高昂的社會成本與國家團結。
