夏納翰擔任代理部長期間，一直隱瞞上一段婚姻的家暴事件，其正式任命就因為聯邦調查局延長其背景調查而延誤。根據外媒表示，2010年，夏納翰與當時仍有婚姻關係的前妻喬迪森（Kimberley Jordinson）酒後發生衝突，兩人在住家醉後拳腳相向，前妻控訴他重擊她的手和腹部，而夏納翰則堅稱自己是自衛，兩人互控「家庭暴力」與「傷害罪」。
由於兩人都堅稱自己是正當防衛，最終檢方依證據不足結案，不久也離婚。當時年僅15歲的長子威爾（Will Shanahan）曾作證媽媽遭父親暴力威脅，讓前妻喬迪森贏得了監護權官司，帶走3個子女。但事後長子反悔，坦言自己做了偽證，母子關係因此變得更緊張。
2011年，前妻喬迪森因無法接受當時17歲的兒子跟36歲的女子交往，和兒子威爾爆發嚴重口角，威爾失控拿球棒痛毆母親頭部，直到母親頭骨碎裂，倒在血泊中。駭人的是，威爾並未報警，反而拔掉電話線以免受傷的母親和弟弟向外求援，離家前還要弟弟幫忙湮滅證據，逃亡時通知遠在另一個城市的父親夏納翰安排律師和投案自首。
威爾遭檢方依兩個殺人罪起訴，但因其未成年，且父親夏納翰傾盡全力救援，宣稱兒子是在母親3小時的疲勞轟炸下失去理智，最後威爾在少年觀護所服刑18個月與2年緩刑，便錄取華盛頓大學就讀，不久前也畢業。
過去因美軍的封閉特性，許多軍人家暴案被吃案，直到2017年年底發生一名空軍無差別掃射，殺死了26人，大家才發現他過去嚴重家暴，卻從未被通報，導致他退伍後還能合法買到管制武器，造成多人死傷的悲劇，也讓美國國防部一直避免再因「隱瞞家暴」落人口實。儘管這起家暴醜聞夏納翰並非直接的施暴者，但背景調查時並未主動交代，仍踩到美國國防部為人詬病的痛點。
夏納翰受訪時心痛表示，「好的家庭也可能發生糟糕的事情」，之前不願意讓家醜浮上檯面，是擔心這起醜聞會毀了兒子的未來，不料卻遭外界誤解揣測。
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