為快速區別武漢肺炎與流感的診斷，並減輕急診負擔，中央流行疫情指揮中心早在1月24日就宣布，擴大公費「克流感」的用藥對象，不限國籍，無健保外國人也適用；但台灣負壓隔離病房數僅1,100多床，目前占床率近5成，一旦出現社區傳播，如何維持第一線醫療防線不致崩潰，將是防疫關鍵。
17年前的抗SARS專家、前疾管局長蘇益仁指出，若出現大規模社區傳播，杜絕感染者不再接觸並傳染他人是首要之務。他建議，應以感染人數、感染輕重程度二大指標，採分級、分流啟動應變措施，中央預先就須與地方政府研商，盤點各縣市適合的公家醫院或辦公處所、旅館，以備不時之需；至於醫學中心等大醫院則是台灣醫療體系命脈，「不到最後一刻不能輕易啟動」，否則恐癱瘓醫療能量，反引起民眾恐慌。
蘇益仁以SARS經驗建議，一旦大規模社區感染，恐無法如中國快速興建臨時醫院或隔離所，台灣或可直接徵調軍醫院、部立醫院，或使用其他公立的場所，再由鄰近醫學中心支援，但要避開人口聚集市中心，以免引發居民反彈；輕症或被接觸者可採現在模式居家隔離，但要確實控管、追蹤，只有重症且必要的確診者才送醫院診治，當病患進入醫院，內部也要立即分流，確診者要走獨立動線，包括電梯、樓層都分開，不能與一般病患混在一起，避免二次感染。
此外，蘇益仁說，醫學中心非必要不能投入防疫，也不該優先作為隔離場域，否則恐癱瘓整個醫療體系。他說，台灣人普遍習慣一生病就往醫學中心跑，加上現行醫療院所過度商業化，醫學中心目前的人力資源已緊繃，一旦社區傳播，恐無餘力再處理防疫；另台灣每間醫院負壓隔離病房大概約10床，若感染擴大，負壓床仍須照顧其他感染症病患，「有辦法挪出來讓你用嗎？」
