到了更新前一天，業者還用電子郵件通知公司48位同仁有關程式測試結果及更新時間，結果軟體一更新就立刻癱瘓，業者急忙派人搶修2天才恢復正常，估計損失超過2千萬元，及影響數十萬名通勤族的權益。
檢警查出，YouBike大當機是駭客事先以公用帳密，從虛擬跳板主機登入管理主機，再植入「程式炸彈」，導致車柱程式更新時，伺服器下載錯誤檔案而癱瘓，不過，跳板主機的公用帳密除了供研發主管使用，連其他維修工程師及研發部門等共約10位同仁都知道帳密可任意登入，因而全成了疑犯。
檢警獲報後，發現廖姓工程師曾因不願夜間輪班及工作態度問題被主管關切，加上他又在系統當機的前一天下午，與同事通訊對話提到「我希望出包」、「上面的才有警覺」等語，還稱已找好後路，可安然離職並領資遣費，並在公司發現log紀錄被刪除前，上網查詢「駭客入侵」「如何抓駭客」「內鬼電腦偵查」等紀錄，且拒絕測謊，因此被懷疑是內鬼而遭起訴。
不過，他向法官供稱，因工服部僅有3名工程師，他一定會被調查，一方面基於好奇，另一方面也想為公司找出凶手，才上網搜尋相關討論，法官認為，縱使他曾提到「可能公司要倒了」「不關我的事」「我烙跑了」或表明因疲勞而不願前往搶修等事不關己的言論，但隔天仍前往搶修，並非完全棄公司於不顧，加上關鍵的IP犯案位址遭刪除，缺乏直接證據可證明他犯案，因而判他無罪。
至於關鍵的資安問題，法官認為既然是人為造成，業者卻未積極限制登入權限，以利證據保存，且連癱瘓的車柱控制器程式，都是由中國北京的科技廠商研發。此外，若未做好資安管理，是否會造成消費者持悠遊卡或一卡通騎乘YouBike，因實名制而導致個資外洩。
Youbike全台共設有上千個場站，設置地點擴及台北市、新北市、桃園市、新竹市、苗栗縣、台中市、彰化縣及高雄市等地，最新的會員卡數高達1300萬，連騎乘次數也突破1億7000萬餘次，儼然已成為都會區不可或缺的交通工具之一。
近來台北市政府計畫YouBike升級為2.0引發爭議，過去的刷卡電腦將改放到自行車上，消費者直接刷車進行解鎖，除了二個版本系統不相容，連新式的停車椿也與1.0版不同，市府還要再花大錢換車並蓋停車椿，不只新北市長侯友宜直言「浪費公帑」，連市議員也質疑市長柯文哲被廠商牽著走，相關單位務必妥善規劃，管理更要到位，才能落實「微笑單車、幸福城市」的設計初衷。
