台南市為提升野鳥救護應變能力，降低來台度冬黑面琵鷺傷亡數量，自2004年開始，每年皆於候鳥季進行「黑面琵鷺大量鳥類傷患救援演習」，邀請林業及自然保育署、生物多樣性研究所、台江國家公園管理處及各保育團體進行傷鳥救護醫療演練，確實精進政府部門與民間社團救護人員之野鳥救護實務經驗，強化各相關單位配合聯繫默契，現今已成立黑面琵鷺救傷群組，各單位相互聯繫互助，於發現傷鳥時能以最佳效率救治處理，並配合專業照顧使傷癒黑面琵鷺能成功野放回歸自然。
謠傳台南市黑面琵鷺受光電裝置影響，致台南度冬之黑面琵鷺數量下降。農業局表示，台南市轄內依據濕地保育法劃設的重要濕地，尤其是外界關心的七股鹽田重要濕地，均沒有設置光電設施。且依據黑面琵鷺大台南監測記錄表顯示，2024年12月28台南市停棲黑面琵鷺為2,012隻，數量多於2023年同期1,634隻，其數量並未下降。自2021年度起更配合林業及自然保育署，持續推動瀕危物種及重要棲地生態服務給付，在七股、安南地區的陸上魚塭為黑面琵鷺營造更多友善的覓食棲息環境。
農業局指出，重要濕地的保育經營管理，為黑面琵鷺保育有成的必要條件，市府至今從來沒有核准於重要濕地範圍內設置任何綠能設施！如果在重要濕地或其保育利用計畫範圍內，發生破壞或干擾濕地環境生態等行為，將依濕地保育法進行裁罰，並呼籲各界共同守護珍貴的濕地環境，一起落實關心黑面琵鷺保育行動。更希望民眾在欣賞候鳥優美姿態的同時，也能為黑面琵鷺保育盡力，幫一年一度來台的嬌客營造更友善的度冬環境。
