檢方表示，陳長文教授在2017年3月16日及17日，先後發表標題為「是職責非洩密，馬英九如何證明『比干之心』」、「總統需要合理的決策空間」二文，對本署偵辦之前總統馬英九涉嫌洩密等案件評述析論。陳教授為國際法碩彥，素來關懷國事，不吝為文指教，語重心長。
惟上揭文中指「檢方拿『政壇傳聞』來推測『犯意』」乙節，顯有誤會。因為本署檢察官辦理刑事案件，對被告有利及不利之事證，均詳加蒐集、調查及斟酌，嚴守證據法則，致力於發現真實。
關於本件106年度偵字第5148、5149號起訴書認定被告二次行為之犯意，本署除已於新聞資料所附起訴書第49頁至第55頁就2013年8月31日「被告當日作為，並非僅在處理閣員政治責任」、「被告依序進行撤銷王金平國民黨黨籍使其喪失立法院院長職權之安排」、「考紀會撤銷王金平國民黨黨籍之處分，經法院認定違法並認無效」及第73頁至第78頁就同年9月4日「被告主觀上有不法之犯意」等節均詳細說明論據，且於本起訴書證據清單一一列明認定該部事實之各項供述及非供述證據，認事用法均有所本，並可資考據檢證，絕非是以「政壇傳聞」推測被告行為之「犯意」。
北檢表示，科刑時應以行為人之責任為基礎，並審酌犯罪動機、目的、手段、所生危害等一切情狀，刑法第57條定有明文，故本起訴書敘明被告之犯罪動機與目的等情狀，係基於法律規定，與被告犯罪事實及量刑等判斷皆有關，皆非無端記載或臆測推斷。
檢方指出，各界對本案偵查及立論批評，本署當虛心受教，惟公是公非，為免社會大眾誤解，乃至穿鑿附會，本署特予說明，其餘論告檢察官將於案件審理公判時詳加論證。陳教授文內並肯定本案「檢方起訴書寫得認真」，激勵檢察同仁鼓勵後進，謹致謝忱。
