法務部長邱太三指出，法務部正推動吹哨者法案，保護公、私部門揭弊者，建立清廉政府與健全經濟秩序，其中政府單位等公部門部分，已擬具《揭弊者保護法》草案，預計今年10月底前送行政院，邱太三指出，關於民間一般公司等私部門之揭弊者保護，將於1年內彙整各方看法，徵詢相關部會意見，研議以專法或在個別法規內規範揭弊者保護的立法方式。
此外，為強化被害人與受刑人人權，法務部除了推動被害人參與刑事訴訟程序，研提賦予被害人聲請調查證據及得獨立上訴的草案，另將推展修復式司法，並已在矯正機關推動修復式司法，納入假釋審查事項。
在受刑人部分，法務部則將推動《監獄行刑法》、《羈押法》修法，增設受刑人處遇、假釋的司法救濟制度，維護受刑人基本尊嚴；並推動監外自主作業，讓受刑人可提早在出獄前半年至1年時，即得外出工作，幫助受刑復歸社會。
在改革檢察審系部分，邱太三指出，將建立權責相符、透明公開的檢察辦案體系，推動以主任檢察官為核心的團隊辦案模式，在六都台北、新北、士林、桃園、台中、台南、高雄、橋頭增設主任檢察官，針對重大案件，為提升辦案能量與偵查品質，由主任帶隊辦案，起訴時共同具名，並參與實施公訴，以示共同負責。
法務部也將針對關說或影響司法者，引進「妨害司法公正罪」，擬在徵詢各界意見後，研提條文草案，此外，也將推動檢察官一二審人事輪調，加強經驗傳承，並促進檢方人事年輕化，活力化，同時朝檢察官來源多元化，廣納人才。
法務部並將推動修法改革檢察官評鑑制度，預計2017年底前擬定《法官法》修法建議案，送司法院籲請提案修法，針對評鑑委員會增加多元的外部委員，此外，未來也將提《法院組織法》修正條文草案，規定於法院一審判決後，公開起訴書，以供外界檢驗。
邱太三指出，將來會更換檢察署機關招牌名稱，不再冠以「法院」二字，以避免民眾混淆法官與檢察官角色，檢察官也不再領取辦案獎金，並不再派檢察官擔任與檢察業務無關的行政職，邱太三表示，法務部落實司法改革，列出以上工作重點，會盡全力達標。
