佔用農地的非法工廠業者為何對登記納管成為「特定登記工廠」趨之若鶩？今年6月20日立法院三讀通過《工廠管理輔導法》修正案，規定在2016年5月20日後，不容許新增未登記工廠，否則地方政府可停水、停電並拆除；若地方政府不作為，中央機關也可逕予停水、停電；在此之前既有未登記的工廠，若屬中高汙染，將輔導遷廠、關廠或轉型。
至於農地上的低汙染工廠，得在修法後2年內，向地方政府申請納管、繳交「納管輔導金」，3年內提出工廠改善計畫，經核定後須在2年內改善完成，若有正當理由未能改善者，還可申請展延，最長需在納管後10年內完成改善。
取得登記者還要每年繳交營運管理金，直到取得土地、建物合法使用證明文件為止，完成土地變更後才能申請工廠登記。為督促登記者能盡早完成相關程序，更明定「特定工廠登記」有效期限，到這次修法施行日起的20年為止。
黃煥彰指出，非法工廠一旦侵入農業區，不僅會汙染稻田、土壤及地下水，造成農地被破壞，且農地價格還因此上漲，使農民受影響而收入銳減；但本應拆遷、停業的非法工廠，因「法不治眾」得以就地合法，根本是惡的循環。
根據環團調查，2008年全國約有8萬家非法佔用農地的工廠，到了2016年卻變成12萬家。更糟的是，這些非法工廠若汙染水土被政府抽檢到，只能勒令地主該農地休耕2年，此外即沒任何裁罰，根本解決不了違法工廠在農地林立的問題。
黃煥彰表示，這些違法工廠業者即便依程序申請就地合法，但工廠本身卻仍是蓋在大片農田中，相關單位是要依照農業灌溉水還是工業廢水排放標準來監督？且這些工廠就地合法後，一定會影響糧食安全，再者合法於工業區買地蓋工廠的業者，1坪地要10幾萬，非法工廠幾千元買1坪農地，卻賴著等政府修法，如此不公不義的狀況，政府與民代竟然還成為幫凶！
