疫情來襲，陳佩琪認為專業領導者最重要的工作，是設法在「防疫成績」和「民生經濟」上取得最大平衡。她說曾看過一篇報導，內容提到一些落後國家的低階民眾，在疫情當下要在「病死」和「餓死」之間做抉擇，實在悲哀。
陳佩琪話鋒一轉，說想當防疫大神，需不需犧牲其他各行各業達到零確診的目標，其實是一門大學問。
指揮中心會有「超前部署」，可關則關，可禁就禁，陳佩琪表示無可厚非，畢竟人命關天，「加上人一生罕有機會坐上神位，若不想跌落自然小心翼翼，神壇才能坐穩坐滿…」
所謂超前部屬，陳佩琪說「講白了就是第一線臨床醫師常用的『防衛醫療』」，但要注意會有副作用，若以防疫公衛的立場來看，就是要慎防政策繼續下去，產業、經濟蕭條的副作用。
另一個值得大家討論的是防疫標準要一致，若無「起源地病毒較毒」的理論，那麼「歐美回國」和「武漢回國」就要標準一致；關了八大行業，KTV卻仍可營業，就算政策不小心顯露出心中成見也不要緊，但疫情趨緩了，「誰關他們的，不就是誰該負責把它打開嗎？」
陳佩琪批評，有勇氣關，就該有guts開，哪有為了不讓自己跌下神壇，又不想負責任，訂了一個任誰都無所適從的標準，然後丟下一句「你們縣市長誰做的到誰去開！」認為若用這種態度防疫，換她這種沒專業的來都行。
陳佩琪最後強調，「醫療、防疫」和「經濟、產業」的發展，或許難兩全，但兩害相權取其輕，別把個人政治立場帶到醫療和防疫裡，疫苗若國際認證安全的可用就用，而不是你討厭的人做的就不用；「小明」該回來就讓人回來，維護兒童的「福利」與「人權」是國際公約，更是人類的普世價值，提醒陳時中一言一行代表著台灣，對於兒童的議題，不可不慎。
