獨立董事擁有對上市櫃公司決策權、資料調閱權及監督權、否決權等，由於獨董地位特殊，一旦掌握所有上市櫃公司的獨董，等於掌握台灣所有的菁英分子，也進而掌握所有的上市櫃公司的商業情資和決策權，影響台灣經濟命脈的上市櫃公司一但遭中國滲透，恐動搖國本，國安單位因此對於與「香港獨立董事協會」成員高度重疊的「台北市獨立董事協會」成立目的十分關注。
獨立董事制度是金管會為了保護非經營股東的權益特意設置，獨董強調獨立性及專業性，在董事會扮演多重的職責與功能，既是董事，又是監察人，具有對上市櫃公司的業務決策與控制監督的雙重權力。
而根據《證交法》規定，獨立董事對上市櫃公司有決策權、資料調閱權及監督權、否決權等職能，也可以向上市櫃公司索取公司應秘密的資料，公司不得拒絕，否則會被罰款。
另外上市櫃公司的內控制度、考核、處分資產、背書、保證、重大資產交易、重大資金貸與、發行私募有價證券、財務、會計或內部稽核主管的任免、財務報告及其他重大事項，都需要經過獨立董事所組成的審計委員會通過，才能提報董事會審議，而審計委員會一旦否決的案件，董事會須以2／3的重度決議的方式才能成功翻案。
而獨董對重大議案有反對意見時，公司一定要在公開資訊觀測站以「重訊」揭露，讓投資人知道，獨立董事地位特殊且重要，因此國安單位對於與「香港獨立董事協會」成員高度重疊的「台北市獨立董事協會」成立目的十分關注。
