針對台灣COVID-19致死率達4.2%，數據明顯高於全球，台北市長柯文哲就指出，「不是死亡率高，是黑數太大，很多感染沒抓出來」。針對該質疑，莊人祥於指揮中心記者會解釋，並將台灣與美國、英國、義大利、加拿大與南韓做比較，我國累計1.4萬餘名確診個案、610例死亡個案，致死率約為4.2%，而其他國家則落在1.3%至3％。
以逐日致死率來看，莊人祥指出，台灣起初致死率最低，直至5、6月初期間開始往上攀升，其他國家則是在疫情剛爆發時致死率偏高，最高為英國，一度甚至超過約18%，次之為義大利，曲線呈現高原狀，顯示高致死率維持很長的時間，整體來說各國在疫情初期致死率都有明顯上升，而我國近日疫情達高峰期，致死率就有上升跡象，希望可以透過各種公衛措施儘快壓住致死率。
至於外界憂心確診個案是否有低報的「黑數情形」，莊人祥指出，確診病例每個國家多多少少有沒被偵測出來，而什麼樣的情況會被稱之低報，就會以檢驗陽性率值低於4、5％作為判斷，若低於4、5％會認為沒有黑數影響。以重點國家檢驗陽性率圖表來說，莊人祥表示，台灣於5月28日突攀升至2.8%，但還是一直低於4、5％，代表疫情爆發至今我國檢驗量能維持不錯。
至於南韓聲稱進行普篩，但一直以來檢驗陽性率都比台灣高，莊人祥表示，雖然沒有一個國家可以保證把所有確診個案找出來，但檢驗量能一直充足，並未發現有低報的情形。針對我國染疫後致死率偏高的原因，莊人祥進一步說明，主要是因為60歲以上個案就占約35%，確診死亡9成在60歲以上。
針對致死率與重症照護方面，莊人祥表示，會進行單株抗體、瑞德西韋等藥物治療，希望對於可能發生併發症個案，有助於降低死亡率。指揮官陳時中補充，已成立重症照護諮詢平台，希望各醫院交換治療經驗，同時也希能透過藥物減少重症比例，盼多管齊下將致死率慢慢往下降。
