而海巡署荒唐事不少，多年前曾有海巡署士官，自爆在太平島服役時，把保育類動物綠蠵龜當馬騎，甚至將照片貼到部落格炫耀說「騎過嗎」，引起各界砲轟。
更離譜的是，台中檢方日前偵辦海巡署隊員涉嫌協助走私毒品案，意外監聽到第九海巡隊前分隊長黃文哲等人每月涉收賄百萬元，藉此包庇中國福建「閩獅漁」船隊10艘漁船越界捕魚，還以「螃蟹」為暗號，不但洩露勤務編排，還通風報信。
涉弊的海巡署官員即使查獲中國漁船越界也僅驅離而不裁罰，黃文哲在去年底被依貪汙罪判刑5年7月、洩密罪則判3月，已入監服刑，就連他任職海巡隊辦事員的陳姓妻子也捲入此案成為共犯，因貪汙罪被判刑1年8月、褫奪公權3年定讞。
此外，海巡署宜蘭查緝隊前中校分隊長沈大祥，涉嫌2009年至2013年間，利用人頭製作假筆錄，詐領檢舉8件私菸、私酒獎金，台北地檢署依貪污等罪起訴沈大祥等7人，院方依利用職務機會詐取財物等罪，將沈大祥判刑10年，褫奪公權5年，沒收不法所得737萬元，全案上訴中。
海巡署警衛隊第五中隊的謝姓上士也被控在3年前承辦委託商船載貨櫃到太平島或東沙島業務，涉騙取台大大氣科學系4萬元、台南營造公司20萬元，一審法官認為謝有悔意，加上返還不法所得，判刑2年、緩刑4年，不過，二審認為他貪贓枉法，以權謀私，危害國軍廉潔形象，依公務員利用職務機會詐取財物罪判4年，不得緩刑，但仍可上訴。
海巡署肩負巡防海岸、領海、鄰接區及專屬經濟海域等國土安全任務，還負責執行查緝走私貨物和毒品、犯罪逃亡、偷渡等治安事務，是我國海島地形重要的機關單位，此次針對吳男言行不檢行為，不僅輕視自己的任務，還重創機關形象，海巡署艦隊分署這次快刀斬亂麻，藉重懲宣示整頓紀律決心。
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