內政部說明，縣（市）長停職期間是否發給半俸的裁量機關，依照行政院人事行政總處106年6月22日總處給字第1060049606號函和原行政院人事行政局2011年12月5日局給字第1000057960號書函，在2017年6月22日以前是由服務機關縣（市）政府決定，之後則由上級機關內政部決定。
內政部進一步說明，依地方制度法第78條第1項規定，縣（市）長涉嫌犯內亂、外患、貪污治罪條例（不包括圖利罪）、組織犯罪防制條例或最輕本刑在5年以上有期徒刑之罪，經一審判刑者，由內政部停止其職務。從1999年到現在，由內政部依該規定停職的縣（市）長，分別是2005年的台東縣縣長吳俊立，當時由台東縣政府決定停職期間停發薪給，至於新竹市市長高虹安，依2017年函釋由內政部決定停職期間停發薪給。
